1961년 10월 경제기획원에 기술관리국을 신설하고, 기술관리과·진흥과·조사과를 두어 과학기술진흥에 관한 계획의 수립 및 관리, 과학기술인력의 훈련, 외국기술도입계획의 수립, 과학기술에 관한 국제협약의 관리, 국내 부존자원에 관한 조사, 과학기술정보의 수집과 활용 등에 관한 업무를 담당하게 하였다.
1967년 4월에 과학기술처를 설립하여 경제기획원의 관련 업무 등을 이관받고 기획관리실·연구조정실 등 2개 실, 진흥국·국제협력국 등 2개 국과 총무과를 두고 과학기술처장관 소속하에 원자력청·국립지질조사소를 두고 있었다. 그 뒤 1998년 2월 21세기를 맞이하여 과학기술진흥의 중요성이 증대해짐에 따라 조직을 대폭 강화하고 대통령직속의 과학기술부로 격상하였다.
1998년 2월에 발족하여 국무위원인 장관 그리고 차관이 각 1인 있었으며, 그 밑에 기획관리실·연구개발정책실·원자력실 등의 3개 실, 과학기술정책국·기초과학인력국·과학기술협력국 등의 3개 국과 총무과, 그리고 장관 밑에 공보관, 차관 밑에 감사관 각 1인을 두었다. 소속기관으로는 국립중앙과학관이 있었다.
주요 업무는 공보관은 공보사무에 관하여 장관을 보좌하였고, 감사관은 사정업무, 과학기술부 및 그 소속기관·산하단체에 대한 감사, 다른 기관에 의한 과학기술부와 그 소속기관·산하단체에 대한 감사결과의 처리, 진정(陳情: 사정을 진술함) 및 비위사항의 조사·처리, 소속공무원의 재산등록 및 심사 등의 업무에 관하여 차관을 보좌하였다.
기획관리실은 과학기술에 관한 각종 정책 및 기획을 수립·조정하고, 이를 심사·분석하며, 예산·행정관리, 법제 및 비상계획에 관한 사무 등을 관장하였다. 연구개발정책실은 국가연구개발사업의 총괄·조정 및 기획·관리·평가, 특정연구기관의 육성·지원 및 관리, 민·군 겸용 기술사업계획의 수립 및 추진, 화학물질의 안전관리, 생명공학육성기본계획의 수립·추진, 국가우주개발중장기계획의 수립·추진 등의 사무를 담당하였다.
원자력실은 원자력의 이용·개발에 관한 정책의 수립·조정·총괄, 원자력정보의 종합·관리 및 보급, 원자력 관련 법령 및 제도의 정비·보완, 원자력 안전규제업무 및 원자력 통제업무 등을 담당하였다. 과학기술정책국은 과학기술의 진흥에 관한 정책의 수립·종합 및 조정, 국내외 과학기술 관련 정책·제도 및 자료 등의 조사·분석, 과학기술정보화 추진계획의 수립·종합 및 조정, 과학기술문화창달에 관한 계획의 수립·추진, 기술개발지원정책의 수립 등의 업무를 수행하였다.
기초과학인력국은 기초과학연구의 진흥을 위한 각종 계획과 사업의 수립·추진, 기초과학진흥관계 법령 및 제도의 운영·개선, 국내외 기초과학에 관한 정책 및 제도의 조사·분석, 과학기술인력에 관한 정책의 수립·종합 및 조정 등에 과한 업무를 담당하였다.
과학기술협력국은 과학기술의 국제협력에 관한 각종 계획의 수립·종합·조정·집행 및 평가, 과학기술국제협력관계 법령 및 제도의 운영·개선, 기술이전에 관한 시책의 수립·관리, 해외 과학기술정보 및 동향의 수집·분석 및 그 활용의 지원, 과학기술 국제규범의 형성에 대응한 협력정책의 수립 및 시행, 개발도상국에 대한 공적개발 원조사업(ODA)에 관한 사항 등을 담당하였다.
그 밖에도 이공학·산업기술·과학기술사 및 자연사에 관한 자료를 수집·보존·연구 및 전시하여 과학기술 지식을 보급하고 생활의 과학화를 기하기 위한 제반 사무를 관장하는 국립중앙과학관이 소속기관으로 설치되어 있었다.
2008년 2월 정부조직법 개정에 따라 과학기술부가 교육인적자원부와 통합하여 교육과학기술부로 개편되었다. 이후 2013년 3월 박근혜정부의 정부조직 개편으로 교육과학기술부의 교육 부문은 신설된 교육부로 이관되었으며, 과학기술 부문은 신설된 미래창조과학부로 이관되었다. 미래창조과학부는 2017년 7월 과학기술정보통신부(科學技術情報通信部)로 개편되었다.
→과학기술정보통신부