1949년 해군본부 작전국 수로과가 창설되어 1953년 해군수로국으로 개편되었고, 1963년에는 해군에서 교통부로 이관되어 1995년 건설교통부 수로국으로 개편되었다가, 1996년 해양수산부 국립해양조사원으로 개편되었다.
국립해양조사원에는 원장 아래에 4과(운영지원과, 해양관측과, 수로측량과, 해도수로과) 1실(해양과학조사연구실) 및 국가해양위성센터를 두고, 조사원의 소관사무를 분장하기 위하여 원장소속 하에 해역별로 부산·장항·동해에 해양조사사무소가 있다.
해양관측에 관한 업무로는 관할해역에서의 해양관측 시행, 해양관측자료의 분석·평가, 조석·조류의 추산예보, 평균해면 및 기본수준면의 결정고시 등이 있고, 해양측량에 관한 업무로는 해양관할권 확보와 해양의 이용 및 개발을 위한 바다의 제형상 조사, 국가해양기본도의 제작 등이 있다.
해도 간행에 관한 업무로는 해양조사자료를 이용한 바다의 종합안내도로서의 해도 간행, 전자해도의 제작 및 보급기술 개발 등이 있고, 항해서지 간행에 관한 업무로는 선박의 안전운항을 위한 항해용 서지 간행, 항행통보 발행 및 항행경보의 발령 등이 있다.
국제협력에 관한 업무로는 국제간 해양조사의 상호협력 도모, 한미 및 한일 간의 기술협력체제 유지, 해양관련 정보제공, 해양자료의 공동활용을 위한 홈페이지 운영, 각종 통신매체를 통한 해양자료의 제공 등이 있다.
이러한 업무를 통하여 국내 유일의 종합해양조사기관으로 해양의 과학적 조사를 통해 해양자원 개발, 해양환경 보전, 해양방위에 필요한 정보를 제공하여 해양산업의 발전, 안전항해, 국가해양정책 수립에 기여하고 있다. 주요 간행물로는 각종 해도(300여 종) 및 해양관련 책자(40여 종) 등과 정기간행물로는 『항해통보』가 있다.