1998년 2월에 설립하여 정무직으로 장관급인 실장 1인과 그 밑에 총괄조정관·경제행정조정관·사회문화조정관·심사평가조정관 및 규제개혁조정관 각 1인, 심의관 15인을 두고 있다.
총괄조정관은 국무조정실 업무의 기획 및 총괄, 국무회의·차관회의 관련업무, 행정자치·법무 및 경찰 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정, 통일·외교통상 및 안보 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정, 재난·재해의 안전관리 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정 등에 관한 업무를 담당한다.
경제행정조정관은 재정·경제, 공정거래 및 대외경제 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정, 금융 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정, 산업자원·정보통신 및 과학기술 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정, 농림·해양수산 및 건설교통 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정 등에 관한 업무를 담당한다.
사회문화조정관은 보건복지, 노동, 여성 및 보훈 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정, 교육·문화 및 청소년 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정, 환경 관련부처 행정의 지휘·감독 및 정책의 조정 등에 관한 업무를 담당한다. 심사평가조정관은 심사분석·평가 및 공직기강 관련업무 등을 담당하고, 규제개혁조정관은 규제개혁업무 등을 담당한다.
연혁을 보면 1973년 1월 각 중앙행정기관과 국무총리소속기관 및 서울특별시의 행정에 대한 지휘·조정 및 감독에 관한 사항과 국무총리가 지시하는 행정의 조정에 관한 사항을 관장하게 하기 위하여 국무총리 소속하에 행정조정실을 설치하였고, 실장 밑에 다섯 행정조정관을 두었다. 이후 이명박정부 때 국무조정실이 국무총리비서실과 국무총리실로 통합되었다가 박근혜정부가 들어서면서 다시 국무조정실과 국무총리비서실로 분리되었다.