금융기관에 대한 감독과 관련된 규정의 제정 및 개정, 금융기관의 경영과 관련된 인·허가, 금융기관에 대한 검사·제재와 관련된 주요 사항, 증권·선물시장의 관리·감독 및 감시 등과 관련된 주요 사항 등 금융감독과 관련된 사무, 금융감독원의 정관 변경에 대한 승인, 금융감독원의 조직 및 기구에 관한 사항, 금융감독원의 예산 및 결산 승인, 금융감독원 직원의 보수기준 결정 등 금융감독원의 업무·운영·관리에 대한 지시·감독과 관련된 사무 등을 관장하기 위하여 1998년 4월에 설립되었다.
조직은 정무직으로 장관급인 위원장 1인과 차관급인 부위원장 1인을 포함한 9인의 위원으로 구성되며, 재정경제원차관(현 기획재정부차관), 한국은행 부총재, 예금보험공사 사장, 재정경제원장관(현 기회재정부장관)이 추천하는 회계전문가 1인, 금융감독위원회 위원장이 추천하는 금융전문가 1인, 법무부장관이 추천하는 법률전문가 1인, 대한상공회의소 회장이 추천하는 경제계 대표 1인 등이 위원이다.
위원장과 부위원장은 정부위원이 된다. 위원회의 회의는 3인 이상의 위원의 요구가 있을 때 위원장이 소집하는데, 위원장이 단독으로 회의를 소집할 수 있고, 법률에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 재적위원 과반수의 출석과 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다. 또한 위원은 3인 이상의 찬성으로, 위원장은 단독으로 의안을 제의할 수 있다.
금융감독위원회에는 증권·선물시장의 불공정거래 조사, 기업회계의 기준 및 회계감리에 관한 업무, 금융감독위원회가 심의·의결하는 증권·선물시장의 관리·감독 및 감시 등과 관련된 주요 사항에 대한 사전심의, 증권·선물시장의 관리·감독 및 감시 등을 위하여 금융감독위원회로부터 위임받은 업무 등을 수행하는 증권선물위원회가 설치되어 있다.
2008년 1월 대통령직 인수위원회는 금융감독위원회 감독정책기능과 재정경제부 금융정책기능을 통합하기로 결정하였다. 2008년 3월 총리령 제875호 「금융위원회와 그 소속기관 직제」에 따라 금융감독위원회는 금융위원회로 확대 개편되었다.