1998년 2월 설치되었다가 1999년 5월 3일 <정부조직법> 개정에 따라 기획예산위원회와 예산청을 통합하여 기획예산처로 개편하였다. 정무직인 청장과 별정직인 차장이 각 1인이 있었고 그 밑에 예산총괄국·경제예산국·사회예산국·행정예산국의 4개국과 총무과, 그리고 청장밑에 공보담당관, 차장밑에 기획관리관 각 1인을 두었다.
공보담당관은 공보사무에 관하여 청장을 보좌하고, 기획관리관은 주요업무계획의 지침 수립·종합 및 조정, 예산청의 예산의 편성 및 집행의 조정, 국회관계업무의 총괄·조정, 주요사업의 진도파악 및 그 결과의 심사분석, 행정관리, 예산청에 대한 감사, 공직자 재산등록·심사 및 선물신고와 퇴직공직자의 취업제한에 관한 사항 등을 담당하였다.
그리고 사정업무에 관한 사항과 진정 및 비위사항의 조사·처리, 국무회의·차관회의 및 경제장관회의·경제차관회의 상정안건 심사 등의 업무와 법무업무를 담당하였다.
예산총괄국은 세입·세출예산의 편성과 관련되는 업무의 총괄, 국회에 제출하는 예산심의 관련자료의 작성 및 협의, 예비비의 관리, 예산과목의 조정 및 예산회계제도, 재정관련 대외협력, 통합재정수지 등 재정운용, 예산운용의 효율화를 위한 집행관리지침의 작성 및 관리, 출연기관 예산의 편성과 그 집행·관리 총괄, 재정융자특별회계 및 국유재산관리특별회계 예산의 편성을 총괄하였다.
그리고 재정경제부 소관 각종 기금의 운용, 정부투자기관의 경영평가, 공공기금의 기금운용계획에 대한 협의 및 관리총괄, 기획예산위원회·재정경제부·예산청·국세청·관세청·조달청 및 통계청 소관의 일반회계 및 특별회계 예산의 편성과 그 집행·관리 등의 업무를 담당하였다.
경제예산국은 과학기술부·농림부·산업자원부·건설교통부·해양수산부·기상청·농촌진흥청·산림청·중소기업청·특허청 및 철도청 소관 일반회계 및 특별회계 예산의 편성과 그 집행·관리, 과학기술부·농림부·산업자원부·건설교통부·산림청 소관 각종 기금의 운용, 교통시설특별회계·농어촌구조개선특별회계 및 농어촌특별세관리특별회계 예산의 편성 등의 업무를 담당하였다.
사회예산국은 지방재정교부금 및 지방교육재정교부금 예산의 편성과 그 집행·관리, 보조금 예산의 편성기준과 관련지침의 작성 및 각 소관 지방보조금사업 예산의 편성을 총괄한다. 그리고 행정자치부·교육부·정보통신부·보건복지부·환경부·노동부·국가보훈처 및 식품의약품안전청 소관 일반회계 및 특별회계 예산의 편성과 그 집행·관리, 교육부·정보통신부·보건복지부·노동부 및 국가보훈처 소관 각종 기금의 운용, 재해대책관련 지원기준의 설정, 정보화관련 예산의 종합·조정 등의 업무를 담당하였다.
행정예산국은 대통령비서실·대통령경호실·국회·대법원·헌법재판소·중앙선거관리위원회·국가안전보장회의·국가안전기획부·감사원·국무총리실·통일부·외교통상부·법무부·국방부·문화관광부·공정거래위원회·법제처·병무청·경찰청 및 해양경찰청 소관 일반회계 및 특별회계 예산의 편성과 그 집행·관리, 통일부·국방부 및 문화관광부 소관 기금의 운용 등에 관한 사무를 관장하였다.