1604년(선조 37) 제자 정인홍(鄭仁弘) 등에 의해 초판본이 간행되었으나 전해지지 않고, 『서애집(西厓集)』에 그 발문이 실려 있을 뿐이다. 1622년(광해군 14) 다시 정인홍이 중심이 되어 덕천서원(德川書院)에서 개교(改校)하여 5권 3책의 목판본으로 간행하였다.
그 뒤 1636년(인조 14) 제자 박인(朴絪) 등이 별집 9권으로 편집했으며, 1640년 본집 5권 5책과 별집 9권 3책으로 간행하였다. 이때는 정인홍이 역적으로 죽은 뒤였으므로 정인홍이 쓴 서문과 행장 등을 빼고 간행되었던 것으로 보인다.
이것을 1764년(영조 40)박정신(朴挺新) 등이 14권 8책으로 개간하였다. 권두에 정인홍의 서문과 권말에 정인홍의 발문이 있고, 별집 권말에 박인·하홍도(河弘度)·조임도(趙任道)의 발문과 김돈(金敦)·박정신의 교정과 발문이 있다.
1894년(고종 31) 후손 조연(曺淵) 등이 다시 개정해 1책의 석인본으로 간행했고, 1897년에 「남명선생편년(南冥先生編年)」이 간행되었다. 1980년에는 진주의 두류문화연구소(頭流文化硏究所)에서 번역본이 나왔고, 같은 해 아세아문화사(亞細亞文化社)에서 영인하였다.
14권 8책. 목판본. 규장각 도서 등에 있다.
권1에 시 180수, 부 3편, 명 7편, 권2에 서(書) 23편, 기 3편, 발 5편, 비지(碑誌) 21편, 소 4편, 논 1편, 잡저 4편, 권3에 학기(學記) 상, 권4에 학기 하, 권5는 부록인데 언행총록(言行總錄)으로 행장 1편, 행록 1편, 묘갈명 1편, 신도비명 1편 등이 있고, 이어서 교지·제문·만장·축문·덕천서원중창상량문·잡록 등이 수록되어 있다. 별집은 권1에 세계·연보, 권2에 언행총록, 권3∼9에 사우록(師友錄)·사제문(賜祭文) 등으로 구성되어 있다.
「학기(學紀)」에서는 먼저 학자를 위해 도통(道統)의 체용(體用)에 대해 상세히 설명하고 위학(爲學)의 요점을 논해 학문을 하기 위한 뜻을 세우게 하였다. 다음으로 치지(致知)·존양(存養)·역행(力行)·제가(齊家)·출처(出處)·치도(治道)·치법(治法)·임정처사(臨政處事)·교인(敎人)·계근(戒謹)·변이단(辨異端)·성현상전(聖賢相傳)·학기범례(學記凡例) 등 학자가 연구해야 할 대상과 실천해야 할 과제를 조목별로 분류하고 자세히 설명해 실천궁행하는 데 지침을 삼도록 하였다. 성리학에 대해 연구의 심도를 측정하게 하는 것으로, 정주(程朱)의 학설을 정통으로 계승하였음을 보이는 글이다. 「언행총록」은 그의 실천궁행한 일생의 도학을 대변하는 글이라 할 수 있다.
경상우도의 거유(巨儒)이며 학행이 뛰어난 학자의 문집으로서 조식의 깊은 학문이 실려 있는 책이나, 그의 제자인 정인홍이 광해군에게 벼슬하다가 역적으로 처형됨으로써 이 문집도 수난을 겪었다고 하겠다.