과전법(科田法)에 규정된 창고궁사전(倉庫宮司田)의 소임을 이어받은 것으로 보인다. 본래 과전법상에서도 왕자들에게는 과전 · 별사전(別賜田) 등이 지급되었다. 따라서 국왕들은 본궁(本宮: 잠저)에 사적 토지를 소유하고 있었다.
1423년(세종 5)에 이러한 본궁의 사재(私財)를 관리하는 내수소(內需所)가 설치되었으며, 1466년(세조 12)에 내수사로 개칭되었다. 본궁의 토지는 국가의 비호 아래 점차 확대되었다. 1445년 국용전(國用田) 제도가 실시되어 경중각사(京中各司)의 위전(位田)이 흡수될 때에도 본궁 소속의 토지는 전혀 개혁이 되지 않았다.
내수사에서 관할하는 토지는 본래 본궁에 속한 토지 이외에도 내수사의 공해전(公廨田)이 있었다. 1449년에 가속군자전(假屬軍資田)에서 2,000결을 떼어 내수소에서 세금을 걷도록 했던 경우나, 1472년(성종 3)에도 군자전을 떼어서 공해전 3,000결을 마련한 경우 등이 그것이다.
그러나 이러한 토지 제도는 설치 · 혁파를 거듭한 듯하다. 조선 후기에 이르면 내수사전은 보다 발전하였고, 특히 무주진전(無主陳田) · 무주공한지(無主空閑地)의 점탈(占奪) 및 민전 침탈이 행해지면서 크게 확대되었다.
출세결과 면세결을 모두 망라한 내수사전의 규모를 정확히 알기는 어렵지만, 18~19세기에 4천 결 내외였을 것으로 추정된다. 내수사전에 속한 출세지와 면세지의 규모의 변동을 살펴보면, 우선 출세지의 경우 규모가 시기별로 어떻게 변동되었는지 알기 어려우나 18세기 후반의 출세지 규모는 2천 5백여 결이었다. 한편 면세지에 대해서는 시기별 변동 양상을 알 수 있다. 1778년에 1,391결, 1787년에 1,725결, 1807년에 3,797결, 1814년과 1824년에 3,796결, 1854년에 3,989결, 1874년에 3,296결, 1880년에 3,842결, 1884년에 2,680결, 1895년에 4,152결이었다. 18세기에 비해 19세기에 들어 결 수가 2천 결 이상 대폭 증대되었다.
내수사전의 운영은 강력한 왕실의 권력을 배경으로 집행되었다. 토지의 관리에는 내수사 노비인 궁차(宮差)가 파견되거나 도장(導掌) · 마름[舍音] 등이 배속되었다.
내수사전 중의 면세지를 경작한 농민에게는 국역(國役) 또는 환곡 등을 면제시켜주기도 하였다. 그러나 경작 농민이 조건을 이행하지 못하면 그들의 재물을 차압하거나 처벌하는 등 폐단이 심하였다. 따라서 국가의 제반 수취로부터 회피하기 위해 토지를 투탁(投託)하는 경우도 많았다.
내수사전은 일본이 조선을 식민지화하는 과정에서 역둔토(驛屯土) · 궁방전(宮房田) 등과 함께 1908년에 국유화됨으로써 완전히 소멸하였다.