이조 소속의 정5품 아문(衙門)으로 왕실의 쌀 · 베 · 잡화 및 노비 등에 관한 사무를 관장하였다. 조선 개국 초에는 고려 왕실로부터 물려받은 왕실 재산과 함경도 함흥지역을 중심으로 한 이성계(李成桂) 가문의 사유재산을 관리하기 위해 설치되었다. 따라서 내수사를 본궁(本宮)이라 부르기도 하였다.
초창기에는 왕실 재산을 '본궁'이라 하고, 1423년(세종 5)을 전후하여 내수소(內需所)에서 관리하게 하였다. 1430년(세종 12) 내수별좌(內需別坐)를 내수소로 개칭한 것으로 보아 이때 기구가 정비된 것으로 보인다. 그 뒤 1466년(세조 12) 관제를 개편할 때 격을 올려 내수사라 개칭하고, 공식기구로서의 직제를 갖추게 되었다.
『경국대전』에 의하면 전수(典需, 정5품) 1인, 별좌(別坐, 정5품 · 종5품), 부전수(副典需, 종6품) 1인, 별제(別提, 정6품 · 종6품), 전회(典會, 종7품) 1인, 전곡(典穀, 종8품) 1인, 전화(典貨, 종9품) 2인 등의 관원을 두되, 별좌와 별제는 합하여 2인을 두었다. 이속(吏屬)으로는 서제(書題) 20인을 두었다. 이 관청은 왕실의 사유 재산을 관리하던 곳이기 때문에 전수에서 전화까지의 관직은 모두 내관이 겸하도록 하였다.
내수사는 본래 면세의 특권을 부여받은 내수사전과 외거노비인 다수의 내수사 노비 및 염분(鹽盆)을 소유해 많은 재산을 보유하고 있었다. 더욱이 세종대 이후 재산을 확대하면서 왕실 세력을 배경으로 불법적으로 백성들의 토지와 노비를 침탈하여, 그 자체가 하나의 거대한 독립적인 재정기구로 성장해갔다. 왕실재산이 비대해지고 그에 따라 유발되는 폐해 또한 극심해지자 성종 이후 ‘군주는 사장(私藏)을 가져서는 안 된다.’는 유교적 명분론에 입각한 내수사 혁파 주장이 대두되었으나, 그 때마다 논의에 그쳤을 뿐이었다.
1801년(순조 1) 한때 내수사의 노비원부를 불태워 내수사 노비를 혁파한 일도 있으나, 내수사는 폐지되지 않다가 고종 대에 이르러서야 혁파되었다. 내수사는 왕실 재정의 독립적인 공재 정화(公財政化)의 필요성에서 설치되어 법제상 공식 기구로 편제되었지만, 공적 기구로서의 성격을 가지기보다는 왕실 사장으로서의 기능을 수행하였다.