대한불교조계종 제3교구 본사인 신흥사(新興寺)의 부속암자이다. 652년(진덕왕 6)에 자장(慈藏)이 창건하여 ‘능인암(能仁庵)’이라 하였으나 698년(효소왕 7)에 불타버렸다.
701년 의상(義湘)이 이곳에 선정사(禪定寺)를 짓고 아미타삼존상을 봉안하였으나, 1642년(인조 20)에 다시 소실되었다.
그 뒤 1644년에 용암(龍巖)이 중창하여 내원암으로 개칭하였고, 1860년(철종 11)에 다시 화재로 불타자 혜봉(慧峰)이 중건하였으며, 1882년(고종 19)에 경봉(勁峰)이 독성각(獨聖閣)을 새로 짓고 산신탱(山神幀)을 조성하였으나, 1885년에 불탔으므로 경봉이 다시 중건하였다.
1914년 금강산 신계사(神溪寺)에서 수도하다 이곳을 찾은 수영(壽永)이 선원을 지었다. 그뒤 1936년에 다시 전소된 것을 중건하여 오늘에 이르고 있다. 현재 남아 있는 당우로는 법당과 요사채 등이 있다.