대한불교조계종 제9교구 본사인 동화사(桐華寺)의 부속암자이다. 미륵보살의 상주처인 도솔천(兜率天) 내원궁(內院宮)을 상징하여 내원암이라 하였다.
1626년(인조 4)에 유찬(惟贊)이 창건하였고, 1823년(순조 23)에 해월(海月)과 제월(齊月)이 중창하였으며, 1937년에 보월(普月)이 다시 중창하였다. 1958년에 가야산 국일암(國一庵)에 있던 비구니 장일(長一, 1916∼1997)이 이곳으로 옮겨와 비구니들의 참선도량을 개설하였고, 1966년에는 장일이 중수하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 원형의 인법당(人法堂)을 중심으로 동쪽에는 요사채인 무주헌(無住軒)이 있고, 서쪽 뒤편에 약사여래를 모신 관음전이 있다. 이들 당우는 단청을 하지 않아 나무의 빛깔 그대로가 살아 있다.