1945년에 조인원(趙仁元)신부가 투철한 국가관과 가치관을 지닌 인재양성을 목적으로 현재의 쎈뽈여자중고등학교 자리에 설립한 대건중등강습소가 그 전신이다.
1946년 4월 논산대건초급중학교로 인가를 받아 6학급이 신설되었으며, 1948년 6년제 논산대건고급중학교로 개편되면서 12학급으로 증설되었다. 1951년 8월 3년제 논산대건고등학교와 중학교로 분리되었으며, 1952년 3월에 고등학교 제1회졸업생 31명을 배출하였다.
1956년 교회로부터 대지를 희사받아 현재의 위치로 교사를 신축 이전하였으며, 1956년 12월에 9학급, 1974년에 12학급, 1977년에 18학급, 1980년에 24학급으로 증설되었다. 1989년 1월에 지역육성고등학교로 지정되었다.
1996년 7월에 제 5회 대건축제 및 개교 50주년 기념행사가 있었다. 1997년 10월 충남 교육청 지정 열린교육과 교실개혁 시범학교로, 1999년 2월 충남 교육청 지정 토론문화 활성화 방안 연구학교로 각각 운영 및 지정되었다. 2005년 12월 전국 학교 교육과정 최우수 고등학교로 선정되어 교육부장관 표창을 수여 받았으며 2006년 12월에는 학력증진 공모제 최우수교로 선정되었다. 2007년 3월에는 제1회 포스코 청암상 교육상을 수상하기도 했다.
교훈은 ‘이선승지(以善勝之)’이며, 교육목표는 ‘PESS의 조화’로 ‘신체적(Physical)·정서적(Emotional)·정신적(Spirtual) 그리고 지적·봉사적(Study·Service)’를 의미하며, ‘실천․체험 중심의 인성교육을 통한 도덕인 육성, 학력신장을 통한 지식인 육성, 지식정보화 사회를 이끌어갈 창의적인 인간 육성, 세계화 교육을 통한 세계인 육성, 자율과 긍지․신뢰와 참여의 교직 문화 풍토 조성’을 노력 중점으로 삼고 있다.
특색사업으로는 현재 ‘열린교육, 인성교육’ 시범학교로 지정되어 운영 중이며, 동아리 활동으로는 ‘도서부-하상관 지킴이, 교지편집부-글마루, 방송부-DBS, 연극부-들임 등’이 다양하게 운영되고 있다.
2010년 현재 각 학년별로 8학급씩 총 24학급이 개설되어 총 739명이 재학 중이며, 교원 50명과 일반 행정직 10명 등 60명이 재직 중이다.