1982년 9월에 창립되었다. 그러나 국내연맹의 창립에 앞서, 동경(東京)올림픽대회(1964)에 최귀승(崔貴昇)을 출전시키기 위하여 1963년 국제연맹에 먼저 가입한 것이 특기할 사실이다.
그 뒤 별다른 국내단체의 활동이 없다가 1979년 대한체육회 안에 근대5종바이아드론위원회를 구성하였으며, 이를 모체로 하여 1982년 9월 15일 정식으로 연맹이 발족되었다. 초대회장은 정재덕(鄭在德)이었다.
연맹은 그 해 11월 첫 국내대회를 열었으며, 1983년부터는 선수 발굴과 육성에 역점을 두고 상비군을 구성하는 한편, 제12회전국소년체육대회(1983)부터 근대2종경기(수영·육상)를, 제64회전국체육대회(1983)부터는 근대3종경기(수영·육상·사격)를 실시하도록 하였다.
1984년 로스앤젤레스올림픽대회에 선수를 출전시킨 이래 각종 국제대회에 선수들을 출전시키고 있다. 1988년 서울올림픽경기에서는 14위를, 1992년 바르셀로나올림픽에서는 12위를 하여 점차 기량향상을 보이고 있다.