1947년 5월 10일 윤치왕(尹致旺)·김석환(金錫煥)·신웅호(申雄浩)·설경성(薛景成) 등 창립 발기인들이 서울대학교병원에서 조선산부인과학회(朝鮮産婦人科學會)를 발족하여, 창립하였다.
1948년 8월 15일 정부수립 후 대한산부인과학회로 이름이 바뀌었고, 회장제로 운영되어오던 학회를 1947년 이사장제로 회칙을 개정하여 1999년 현재 학회조직은 학술·심사·편집·의료보험·수련·기획·재정·윤리·고시 등 9개 위원회와 정보통신특별위원회, Newsletter소위원회 등으로 되어 있으며, 14개 지회를 두고 지역별 특수성에 따라 학술활동을 하고 있다.
1949년 창립 후 매년 1회의 학술대회를 개최하다가 1967년부터 연 2회 춘·추계학술대회를 주관하고 있다. 1973년부터는 수련의(修練醫)를 위한 의학강좌를 실시하고 있으며, 1958년 12월 계간으로 발간되어오던 ≪대한산부인과학회잡지≫가 1962년부터 월간으로 증간되어 출간되고 있다.
또, 1954년에 제정된 학회학술상은 추계학술대회 때 시상하여 연구의욕을 고취시키고 있다. 학회는 1967년 국제산부인과학회와 아시아산부인과학회에 가입하여 국제학술교류와 연구활동에 적극 참여하고 있다. 1983년 9월 제9차아·태산부인과학술대회(亞太産婦人科學術大會)를 서울에서 개최하였고, 2000년 2월에는 국제 부인종양학 심포지엄을 개최하였다.