1939년 이병학(李丙學)·조영하(趙映河) 등의 발기로 일본송구협회 조선지부를 결성, 발족시킨 데서 기원을 찾을 수 있다. 그 뒤 1942년 9월 일본 체육전문학교 출신들이 ‘계명송구구락부’를 조직하였으나 일제의 구기폐지정책의 시행으로 유산되었다. 1945년 7월 27일 ‘대한송구협회’가 창설되었다.
그리고 1945년 광복과 더불어 11월 26일 대한체육회에 가맹되었다. 6·25전쟁으로 그 기능이 한때 정지되었다가 1952년 10월 제33회 전국체육대회를 계기로 재기하였고, 1957년 2월 ‘송구’라는 용어를 ‘핸드볼’로 바꾸면서 대한송구협회를 ‘대한핸드볼협회’로 개칭하였다. 세계 각국과의 교류를 위하여 1960년 9월 세계핸드볼연맹(IHF)에 가입하였다. 1963년 11인제를 폐지하고 7인제 만을 채택하였다. 1974년 아시아핸드볼연맹에 가입하였다. 한때 다른 인기종목의 그늘에 가려 존폐의 위기를 맞기도 하였으나, 1980년대 이후 올림픽과 각종 국제대회에 출전하여 여러 차례 우승하는 등 좋은 성적을 거두어 핸드볼 강국으로 국제적 인정을 받게 되자 협회의 활동도 활발해 졌다.
협회의 설립목적은 핸드볼 경기를 국민에게 널리 보급하여 국민체력 향상과 건전하고 명랑한 기풍을 진작 시키고, 아마추어 핸드볼 경기인 및 단체통할 지도하여 우수한 경기자를 양성하여 국위 선양을 도모함이다.
주요 기능은 ① 핸드볼 경기에 관한 기본방침의 심의 결정, ② 핸드볼 경기에 관하여 관계기관의 자문에 응하고 이에 대한 건의, ③ 국제경기대회의 개최 및 참가, ④ 산하 가맹단체와 지부의 관리 및 감독, ⑤ 핸드볼 경기대회의 개최 및 주관 등이다.
조직은 기구로서 이사회·대의원총회·사무국이 있고, 회장 1인, 부회장 6인, 이사 18인, 감사 2인 등 모두 27명의 선임임원과 20명의 대의원 20 및 위촉위원으로 구성되어 있다. 산하연맹체는 한국실업연맹·한국대학연맹·한국중고연맹·한국초등연맹 등이 있다.
1999년 말 현재 협회에 등록된 팀수는 159개이며, 선수수는 약 2,160명이다. 협회는 서울특별시 송파구 오륜동의 올림픽회관 안에 있다.