종친의 교육에 관한 임무를 담당하였다. 1430년(세종 12) 종학이 설치되자 관부 신설에 따른 교관이 필요하였는데 이들을 종학관이라 하였다.
그러나 이들 종학관은 독립된 전임관이 되지 못하고 성균관에 따로 사성·직강·주부를 1인씩 더 설치하여 종학관을 겸하게 하였다. 이것이 성균관원이 종학관을 겸하게 된 효시로 그 뒤 이들은 모두 종학박사로 불리게 되었다.
그 뒤 1466년(세조 12) 관제를 개혁할 때 도선 1인, 전훈(典訓) 1인, 사회(司誨) 2인과 함께 4인으로 하여 구체적인 직명이 정해진 것이다.
이렇게 겸직이 아닌 독립된 전임관이 성립되었지만 이것은 일시적일 뿐, 3년 뒤인 1469년(예종 1) 사간원의 계(啓)에 성균관의 사성(司成) 이하 전적(典籍)이 종학관을 품계에 따라 겸하게 하라는 내용이 나오며, 1471년(성종 2) 『경국대전』에 이러한 내용이 명문화됨에 따라 성균관에 예속된 종학은 유명무실한 존재로 되고 말았다.
그 뒤 영조 때까지 치폐가 거듭되다가 조선 후기 『속대전』체제에 완전히 폐지됨에 따라 종학관도 폐지되었다.