일제강점기에는 정방산 성불사(成佛寺)의 말사였다. 창건연대 및 창건자는 미상이나 고려시대 이전에 창건하였다고 하며, 창건 당시의 이름은 보문사(普門寺)라 하였다. 처음의 위치는 산 정상 가까이에 있었으며, 정자를 지어서 오가는 나그네의 편리를 도모하였다.
그 뒤 산중턱으로 절을 옮겨 짓고 중사(中寺)라고 하였으며, 조선 초기의 불교탄압 때 절의 재산을 몰수당하자 지금의 위치로 이건하고 독정사라 하였다. 이 절에는 이름난 약수가 있어서 약수암이라는 이름으로도 널리 알려져 있다.
절 정면에 있는 단애(斷崖)에서 솟아나는 이 약수는 사계절 내내 끊임없이 흘러나오며, 만병통치의 약수로 전하여지고 있다. 이 절은 창건 뒤 꾸준히 비구니의 수도도량으로 전승되었으나, 1913년의 사찰령(寺刹令) 반포 이후에 사찰 운영제도의 변천에 따라 주권이 대처승 측으로 넘어갔다.