일명 동서활인서라고도 한다. 1392년(태조 1) 관제(官制)를 새로 정할 때 고려시대의 제도를 본받아 설치한 동서대비원을 1414년 동활인서와 서활인서로 개칭하였다. 그 뒤 1466년(세조 12)의 관제개혁 때 활인서로 통합되었으나, 관습적으로 동·서로 나뉘어 불렸다.
동활인서는 동대문 밖, 서활인서는 서소문 밖에 위치하였다고 한다. 관원은 초기에 부사(副使)·녹사 등이 있던 것이 1414년 이후 제조 1인, 별제 4인, 참봉 2인으로 개편되었는데, 곧 별제 2인으로 감소되었다. 그리고 이와 같은 정식 관원 외에 한의원과 의무(醫巫)·간사승(幹事僧)·매골승(埋骨僧) 등의 실무 인원들이 배치되어 있었다.
이 기관의 주된 임무는 도성의 병난 사람을 구료하는 일이었지만, 그 밖에 무의탁 병자를 수용하고, 전염병 발생 때 병막을 가설하여 환자에게 음식과 약·의복 등을 배급하고 간호하는 일 및 사망자 매장의 소임까지 담당하였다.
이러한 활인서 소임의 특수성 때문에 때때로 은전이 부여되기도 하였는데, 1437년(세종 19) 사사전(寺社田) 중에서 140결을 활인원에 이속시켜 간사승의 의복 공급비용으로 충당하게 한 것이 그 대표적인 예이다. 그러나 조선 후기로 오면서 활인서의 소임이 축소되자 1709년(숙종 35) 참봉 2인의 감원과 함께 혜민서(惠民署)에 이속되었고, 1743년(영조 19)에는 완전히 혁파되었다.