1976년 1월 이경수(李敬洙)가 목포실업전문학교로 설립하였다. 초대교장에 이경수가 취임하였으며, 공업경영과, 전자과, 토목과의 3개 학과에 학생정원 240명으로 출발하였다가 같은 해 12월 식품가공과를 신설하였다.
1977년 10월 교명을 목포공업전문학교로 개칭하고 이듬해 제1회졸업생 170명을 배출하였다. 1978년 건축과를 신설하여 18학급 720명으로 증원하였으며, 1979년 1월 목포공업전문대학으로, 1980년 9월 목포실업전문대학으로 개편하고 경영과·무역과·세무회계과·유아교육과를 신설하는 한편 공업경영과를 폐과하였다.
이듬해 10월 전기과·식품영양과·임상병리과·방사선과·치기공과·물리치료과의 6개 학과를 신설하였다. 1985년 1월 목포전문대학으로 교명을 개칭하였고, 1990년 10월에 보건계학과 수업연한이 3년제로 연장되었다. 1998년 5월 목포과학대학으로 교명을 변경하였다.
2012년 1월에 목포과학대학이 목포과학대학교로 교명을 변경하였다.
교육목표는 ‘진리탐구·덕성함양·기능개발’로 되어 있다. 19개 동아리를 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있으며, 10월에 ‘쌍룡대동제’를 개최하고 있다.