칙임관, 차관급 벼슬이다. 총재를 보좌하여 사무를 처리하고 총재에게 사고가 있을 때 사무를 대신 처리하였다. 부총재가 설치된 관청은 다음과 같다. ① 1894년(고종 31) 6월 28일 의정부 관제가 마련될 때 군국기무처를 설치하고 총재·부총재 각 1인, 서기관 3인 및 회의원을 두었는데 이 중 부총재는 회의원 중 관직이 높은 사람이 겸직하였다. 1894년 11월 군국기무처 폐지와 함께 폐지되었다.
② 궁내부 소속 수륜원(1902년 4월 수륜과가 수륜원으로 승격, 독립할 때 설치), 수민원(1902년 11월 신설될 때 부총재직 설치), 평식원(1902년), 철도원(1902년 9월 관제 개정 때 부총재직 설치). ③ 표훈원(1899년 7월), 법규교정소(1899년 7월), 지계아문(1902년) 등이다.