대한불교조계종 제10교구 본사인 은해사의 말사이다. 690년(신문왕 10) 원효가 창건하였다. 그 뒤의 자세한 역사는 전하지 않는데, 한창 때는 50여 동의 전각과 12개의 부속 암자, 8대의 물방아를 갖추고 쌀을 찧어 승려와 신도들의 공양미를 한 대사찰이었다.
1723년(경종 3)에 중창하였으나 1736년(영조 12)에 홍수로 인한 산사태로 퇴락되었다가, 순천 송광사의 한 노승이 현몽하여 이곳으로 와 중건하였다고 한다. 그 뒤 1860년(철종 11)에 유혜(有惠)·쾌옥(快玉)이 중창하였으며, 1939년에 은해사의 백현(伯鉉)이 다시 중창하였다.
1988년 원조가 본래의 대웅전 위치를 찾아 그 자리에 인도에서 모셔온 부처님 진신사리를 봉안하기 위하여 적멸보궁을 지어 오늘에 이른다. 현존하는 당우로는 적멸보궁·약사보전·독성각·산령각·요사 등이 있고, 그 밖에 원효와 김유신이 수련하였다는 원효굴 또는 불암으로 부르는 석굴에는 홍주암(紅珠庵) 독성전이 있다. 석굴은 1976년에 내부를 보수하던 중 신라시대의 것으로 추정되는 청동불상 1점이 발견되었으며 현재 국립경주박물관에 보관되어 있다.
적멸보궁은 1988년 인도에서 모셔온 진신사리를 봉안하기 위하여 지었는데, 이 자리가 본래 있던 대웅전 자리라고 한다. 안에는 진신사리가 안치된 삼층석탑과 후불탱화·아미타탱화·칠성탱화가 있다.
약사보전은 조선시대 후기의 건물로서 약사여래입상이 봉안되어 있다. 약사여래입상은 1736년에 내린 큰비로 사찰 전각이 무너질 때 매몰된 것을 순천 송광사 노스님이 현몽하여 발굴한 불상이라 전한다. 상호의 표정과 신체의 표현, 그리고 대좌 양식 등으로 볼 때 고려시대에 조성한 것으로 추정된다.
불굴사삼층석탑은 통일신라시대 9세기의 작품이며 1965년 보물로 지정되었다. 높이 743㎝의 석탑은 2층 기단 위에 3층의 탑신부를 형성하고 정상에 상륜을 장식한 일반형이다. 석등은 통일신라시대에 조성한 석등으로서 현재 약사보전 앞에 있는데 이 자리가 원위치인지는 분명하지 않다.