31본산(本山) 때에는 보현사(普賢寺)의 말사였다. 이 절의 창건연대 및 창건자는 미상이나 고려 중기 이후에 선승(禪僧)들의 수도처로서 창건되었다.
그 뒤 1635년(인조 13)에 성천(性天)이 퇴락한 당우의 중수를 발원(發願)하고, 제자 능일(能一)·법연(法演) 등과 함께 공사에 착수하였다. 이 때 육자당(六慈堂)과 향적전(香積殿)·방장실(方丈室)·숙정소(熟淨所) 등을 보수하였다.
이때의 중수 전까지는 이 절의 이름이 ‘빙발암(氷鉢庵)’으로 전하였으나, 중수 이후에 인도에서 제1결집(結集)을 하였던 빈발라굴(賓鉢羅窟)을 상징한 것임을 밝혀내고 빈발암으로 고쳐 부르게 되었다.
그 뒤의 역사는 전하지 않지만, 이 절은 불경 제1결집의 정신을 이어받아 수행하는 참선수행자들이 즐겨 찾았던 수도도량이다. 「묘향산빈발암기(妙香山賓鉢庵記)」가 전한다.