정부는 공무원의 직무상 비위를 조사하는 기관인 감찰위원회를 폐지하는 대신, 그 기능을 보다 강화한 감찰원을 설치하기 위하여 1955년 2월 「정부조직법」을 개정하였으나, 국회와 정부간에 의견의 불일치로 감찰원에 관한 법안은 1957년 5월에 폐기되어 감찰원은 그 탄생을 보지 못하였다.
한편, 이와는 별도로 정부에서는 1955년 3월 법률에 근거하지 않고 대통령령으로 사정위원회규정을 제정하여 그해 11월 대통령직속하에 이 기관을 설치하였다. 조직은 사정위원장 1명(차관급)과 사정위원(1급) 4명을 두고, 이를 보좌하기 위하여 조사관과 직원 약간 명을 두었다.
사정위원회에는 사정위원장, 사정위원회의 및 총무과가 있었으며, 그 주요기능은 공무원의 비위조사, 임명권자와 징계위원회에 대한 공무원의 비위조사 결과의 보고 또는 통보 등이었다.
그러나 사정위원회는 발족한 이래 4년 9개월간 정치적 압력 등으로 본연의 기능을 제대로 수행하지 못하고, 또한 별다른 활동도 못한 채 1960년 8월 국무원령에 의하여 폐지되고 다시 감찰위원회가 부활되었다.
그러나 이 기관도 1963년 3월에 다시 폐지되고, 1963년 12월에 제정된 「감사원법」에 의하여 정부회계에 대한 감사기능을 수행하던 심계원(審計院)과 감찰원을 통합하여 신설된 감사원에 그 업무가 승계되었다.