대한불교조계종 제16교구 본사인 고운사(孤雲寺)의 말사이다. 신라시대에 창건된 절로서, 창건연대 및 창건자는 미상이다. 그 뒤 여러 차례의 중수를 거쳤으며, 1803년(순조 3)의 중건을 거쳐 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 정면 3칸, 측면 2칸의 원통전(圓通殿)과 요사채가 있다. 조선 말기에 건립된 원통전 안에는 관세음보살상과 1803년에 봉안된 후불탱화(後佛幀畵)가 있다. 석탑사라는 절 이름은 인근에 있는 돌무지로 쌓은 네모난 석탑과 관련된 듯하다.
이 석탑은 신라시대 의상(義湘)의 제자이자 봉정사(鳳停寺)의 창건주인 능인(能仁)에 얽힌 설화가 전한다. 『영가지(永嘉誌)』에 보면 능인대사가 이곳의 한 굴에서 은거하고 있었는데, 영주 부석사로부터 승려 천여 명이 그를 만나러 왔으나 끝내 만나지 못하고 돌아가게 되었다. 이 때 그들은 각각 돌을 모아서 한 곳에 쌓으니, 바로 이 석탑이라고 한다.