대체로 알맹이가 크고 무거우며 충실한 것을 좋은 종자라고 한다. 따라서 선종의 기준은 청결도, 발아율, 발아세(發芽勢), 성숙기의 중량, 체적, 건조도, 연령 등이 된다. 선종방법에는 육안, 도구이용법, 비중액을 쓰는 비중선법(比重選法)이 있다.
육안으로 고를 때는 종자를 상 위에 흩뜨려두고 잡것이 섞이지 않은 마르고 여문 것을 고른다. 도구를 써서 고를 때는 체를 쳐서 부피가 작은 것을 제거하거나 키·풍구·선풍기 등으로 무게가 가벼운 것을 없애는 방법을 사용한다. 비중선법은 바닷물이나 소금물에 벼나 보리의 씨를 넣어 가라앉는 것만을 골라내는 방법이다.
그러나 이 비중선법은 벼나 보리처럼 비중과 무게가 상반되는 것은 효과가 있지만 콩이나 강낭콩과 같이 지방질이 많아서 비중과 무게가 서로 짝이 되지 않는 것에는 효과가 거의 없다.
비중액의 농도는 작물의 종류나 종자의 모양에 따라 다르지만 대체로 비중을 기준으로 한다. 전통시대에도 비중을 이용하여 선종한 기록이 보이는데, 『농사직설』 비곡종함(備穀種函)에는 여러 가지 씨앗을 거둘 때 쭉정이를 까불어 버린 뒤 물에 담가서 뜨는 것은 버리고 가라앉는 것은 건져내 잘 말린다고 하였다.
골라낸 씨앗을 저장하는 방법으로 『농사직설』에서는 땅에 묻은 옹기나 나무통에 눈녹은 물을 모아두었다가 씨앗을 심을 때 이 물(雪汁)에 종자를 담갔다가 걸러내서 볕에 두 번 말린 뒤 파종했다고 한다. 또한 눈 녹은 물 대신에 소변 모은 통에 씨앗을 담갔다가 세 번 볕에 말리기도 한다고 하였다.
오늘날 비중선법으로 종자를 고를 때 소금기의 비중은 비중계를 사용하지만, 이것이 없는 경우에는 신선한 계란을 소금물에 띄워 이용하기도 한다. 계란이 소금물에서 뜨는 상태와 비중과의 관계는 [그림]과 같다.