시기에 따라 소재지의 변동이 있었다. 995년(성종 14)에 화주(和州 : 함경남도 영흥)에 처음 설치되었다가 1018년(현종 9)등주(登州 : 함경남도 안변)로 바뀌었다.
남방의 도호부가 지방민을 통치하기 위하여 설치되었던 데 반하여 북방의 도호부는 새로 정복한 변경의 이민족을 통치하기 위한 군사적 지방통치기구이었다. 따라서, 남방의 도호부가 지역사정에 따라 치폐(置廢)를 거듭한 데 반하여, 북방의 도호부는 국경의 확대에 따라 더욱 발전하였다.
관할지역은 서곡현(瑞谷縣) · 문산현(汶山縣) · 위산현(衛山縣) · 익곡현(翼谷縣) · 파천현(派川縣) · 학포현(鶴浦縣) · 상음현(霜陰縣) 등이다. 1052년(문종 6) 6월삼척현(三陟縣)임원진(臨遠鎭)의 장수 하주려(河周呂)가 동여진의 침입을 받았을 때, 이곳을 순찰하던 안변도호판관 김숭정(金崇鼎)의 도움을 받았다고 한다.
인종 때 제정된 외관록(外官祿)에 따르면, 안변소도호부사(安邊小都護府使)는 120석, 부사(副使)는 86석 10두, 판관은 40석, 법조(法曹)는 15석 10두를 받았다.
도호부내의 주현군(州縣軍)은 도령(都領) 1인, 낭장(郎將) 2인, 별장(別將) 4인, 교위(校尉) 12인, 대정(隊正) 27인, 초군(抄軍) · 좌우군(左右軍) 각각 8대, 영색군(寧塞軍) 3대 5인으로 합계 150 인과 공장(工匠) 1반 33인으로 구성되었다.