시기에 따라 소재지의 변동이 있었다. 995년(성종 14)에 화주(和州 : 함경남도 영흥)에 처음 설치되었다가 1018년(현종 9)등주(登州 : 함경남도 안변)로 바뀌었다.
남방의 도호부가 지방민을 통치하기 위하여 설치되었던 데 반하여 북방의 도호부는 새로 정복한 변경의 이민족을 통치하기 위한 군사적 지방통치기구이었다. 따라서, 남방의 도호부가 지역사정에 따라 치폐(置廢)를 거듭한 데 반하여, 북방의 도호부는 국경의 확대에 따라 더욱 발전하였다.
관할지역은 서곡현(瑞谷縣)·문산현(汶山縣)·위산현(衛山縣)·익곡현(翼谷縣)·파천현(派川縣)·학포현(鶴浦縣)·상음현(霜陰縣) 등이다. 1052년(문종 6) 6월삼척현(三陟縣)임원진(臨遠鎭)의 장수 하주려(河周呂)가 동여진의 침입을 받았을 때, 이곳을 순찰하던 안변도호판관 김숭정(金崇鼎)의 도움을 받았다고 한다.
인종 때 제정된 외관록(外官祿)에 따르면, 안변소도호부사(安邊小都護府使)는 120석, 부사(副使)는 86석 10두, 판관은 40석, 법조(法曹)는 15석 10두를 받았다.
도호부내의 주현군(州縣軍)은 도령(都領) 1인, 낭장(郎將) 2인, 별장(別將) 4인, 교위(校尉) 12인, 대정(隊正) 27인, 초군(抄軍)·좌우군(左右軍) 각각 8대, 영색군(寧塞軍) 3대 5인으로 합계 150 인과 공장(工匠) 1반 33인으로 구성되었다.