1868년 8월 25일 출생했다. 본관은 함종(咸從), 자는 치덕(穉德), 호는 혜재(惠齋)이다. 참봉 어창우(魚昌愚)의 아들이다. 대한제국기에 외부 번역관, 용천부윤, 국문연구소 위원 등을 지냈으며, 일제강점기에는 중추원 참의, 조선사편수회 위원 등을 역임하였다. 1935년 2월 3일 사망했다.
한학을 수학하다가 1894년 8월 탁지아문 주사로 관직생활을 시작했다. 같은 해 일본 유학의 명을 받고 그해 10월부터 일본 게이오의숙[慶應義塾]에서 1895년 8월까지 수학한 후 귀국했다. 같은 해 12월 박종화(朴鏞和)와 함께 대원군 손자 이준용(李埈鎔)의 수행원으로 일본으로 갔다. 단발령이 내리자 1896년 1월 즉시 단발하고 양복으로 갈아입었다. 1896년 3월부터 8월까지 니혼법률학교[日本法律學校] 문과대학 강사로 활동하면서 도쿄전문학교(와세다대학교의 전신) 교외생으로 들어가 1896년 9월 정치경제과 3년 과정을 수료했다.
1898년 4월 군법기초위원, 1899년 3월 외부 번역관보, 1902년 2월 외부 번역관이 되었다. 재임하면서 주요 외교문서를 번역하고 통역했다. 그해 7월 칭경시 예식사무위원(稱慶時禮式事務委員)과 1903년 10월 평식원(平式院) 총무과장(總務課長)을 겸했다. 외부 번역관으로 1904년 4월부터 5월까지 일본 보빙대사(報聘大使) 이지용(李址鎔)을 수행했다. 4월 일본 정부가 주는 훈5등 욱일장을 받았으며, 10월 외부 참서관(參書官)으로 승진하여 총영사관을 겸임했다.
1905년 4월 농상공부 도량형 임시사무위원과 문관전고소(文官銓考所) 위원을 겸하면서 훈5등 팔괘장(八卦章)을 받았다. 1906년 1월 용천감리(龍川監理)로 전임되면서 용천항 재판소 판사를 겸했고, 10월 감리서가 폐지되면서 용천부윤 겸 용천항 재판소 판사에 재임용되었다. 1907년 8월 학부 편집국장으로 전임되면서 관립 한성사범학교(漢城師範學校) 교장과 국문연구소 위원을 겸했다. 이때 국문통일에 노력해서 훈민정음의 제자원리(制字原理)를 태극과 음양의 이치로 설명하고, 초성을 종성으로도 써야 한다는 주시경(周時經)의 주장과 의견을 같이하는 등 국문학에 중요한 업적을 남겼다. 1908년 3월 학부 비서관에 재직하면서 5월 관립 한성고등여학교 교장을 겸임했다. 1910년 8월 12일 훈4등 팔괘장을 받았다.
국권피탈 직후인 1910년 10월 조선총독 자문기구인 중추원 부찬의에 임명되어 1921년 4월까지 매년 800원의 수당을 받았다. 1912년 8월 한국병합기념장을 받았다. 1916년 1월 중추원이 주관한 조선반도사 편찬사업의 조사주임을 맡아 사료수집을 담당했다. 1919년 12월 대동사문회(大東斯文會) 발기인으로 참여해서 1920년 1월 상무이사 겸 치사부(治事部) 주임, 12월 총무를 맡았다. 같은 해 7월 경성고학생구제회 발기인으로 참여하였고, 12월 조선총독부 임시교과서조사위원회 위원에 위촉되었다.
1921년 4월 관제개편으로 중추원 참의에 임명되어 1927년 4월까지 매년 1,500원의 수당을 받았다. 1922년 12월 조선민족사를 왜곡한 조선사편찬위원회 위원에 위촉되었다. 1923년 3월 훈4등 서보장을 받았다. 1924년 4월부터 1929년까지 친일단체 동민회(同民會) 평의원으로 활동했고 1925년 7월 조선사편수회 위원을 맡아 『조선사』 편찬에 참여했다. 1926년 4월부터 1934년 3월까지 경성제국대학 법문학부 강사촉탁으로 근무했고, 1927년 6월 경기도 참여관에 임명되어 1929년 11월까지 재임했다. 1928년 9월 훈3등 서보장, 11월 쇼와 천황 즉위기념 대례기념장을 받았다.
1929년 5월 조선박람회 평의원으로 위촉되었고, 12월 칙임관 대우 중추원 참의에 재임명되어 1932년 12월까지 매년 1,500원의 수당을 받았다. 1930년 명륜학원 강사, 1931년 11월 단군신전봉찬회 고문, 1932년 명륜학원 평의원으로 활동했다. 『동사연표(東史年表)』(보문관, 1915), 『조선승무유현연표(朝鮮陞廡儒賢年表)』(대동사문회, 1928) 같은 역사서를 저술했다.
어윤적의 이상과 같은 활동은 「일제강점하 반민족행위 진상규명에 관한 특별법」 제2조 제9·19호에 해당하는 친일반민족행위로 규정되어 『친일반민족행위진상규명 보고서』 Ⅳ-9: 친일반민족행위자 결정이유서(pp.864∼878)에 관련 행적이 상세하게 채록되었다.