여성정책에 대한 종합적인 기획 · 조정 · 시행, 여성의 지위향상과 관련된 대통령에 대한 자문, 남녀평등촉진 및 여성발전을 위한 여성단체의 활동 및 여성관련시설의 운영지원, 남녀평등촉진 및 여성발전을 위한 정책개발 및 조사연구, 각종 법 · 제도, 행정조치 및 관행 등에 나타나는 여성차별에 대한 조사 및 차별시정 등에 관한 사무를 관장하기 위하여 1998년 2월에 설립하였다.
정무직으로 장관급인 위원장 1인 및 당연직위원 6인을 포함한 15인의 위원으로 구성되며, 위원장과 위원 1인은 상임이었다.
위원회에는 전문위원과 사무처를 두며, 사무처에 총무과와 정책조정관 · 협력조정관 및 차별개선조정관 각 1인을 두었다. 전문위원은 위원회의 업무에 관한 전문적인 조사 · 연구업무를 담당하였다.
정책조정관은 위원회의 운영, 주요업무계획의 수립과 심사분석, 조직 및 정원의 관리 등 행정관리, 여성정책기본계획의 수립 및 시행, 여성지위향상을 위한 정책개발 및 연구, 여성정책협조부서 및 지방자치단체와의 협력, 여성정책 홍보 및 공보 등의 업무와 법무업부, 국회 및 정당관련 업무를 담당하였다.
협력조정관은 여성단체 협력 및 지원, 여성자원봉사활동의 지원, 여성발전기금의 관리 · 운영, 여성국제협력 등의 업무를 담당하며, 차별개선조정관은 성차별개선, 여성관련문제의 조사, 여성주간의 운영 등의 업무와 여성의 공직 및 정치참여 등 잠정적 우대조치와 관련된 업무를 담당하였다.
위원회의 회의는 위원장이 필요하다고 인정할 때에 소집하고, 위원장이 의장이 되며, 재적위원 과반수의 출석으로 개의하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결하였다.
여성특별위원회는 2001년 1월 29일 여성부가 출범되면서 여성부에 흡수되었고, 2010년 이후 여성가족부로 명칭이 변경되었다. 주요 업무는 여성정책의 총괄·조정, 여성의 권익증진 등 지위향상, 가족·청소년 정책 등이다.