1917년 5월에 우리나라 최초의 수산교육기관인 여수공립간이수산학교로 설립되었다. 그 뒤 1921년 4월에 여수공립수산학교, 1951년에 여수수산고등학교, 1963년에 여수수산고등전문학교로 개편되었다가 1968년 3월에 국립으로 이관되었다.
1975년 3월 여수수산전문학교로 변경되었다가 1979년 3월 여수수산전문대학으로 개편되었으며, 1987년 3월에 4년제 여수수산대학으로 승격되었으며, 1991년 11월에 대학원 설치인가를 받았다. 1993년 3월에 여수수산대학에서 여수수산대학교로 명칭이 바뀌었으며, 1998년 3월에 여수대학교로 교명을 변경하였다.
2006년 3월 1일 전남대학교에 통합되어 전남대 여수캠퍼스로 출범하였다. 여수캠퍼스는 현재 여수시 대학로 50(둔덕동)에 있다.
부속기관으로는 도서관·기숙사·전자계산소·실습선·대학신문사·방송국·보건진료소 등이 있고, 부설연구소로는 학생생활연구소·수산과학연구소·어학연구소·환경문제연구소·어업기술연구소 등이 있다.
교훈은 ‘창조·협동·봉사’이다. 매년 봄·가을에는 ‘청경축제’와 개교기념축제를 개최하며, 총학생회를 비롯하여 햄(HAM), 요트부, 그루터기, 방송반, 연극반, 민속연구회, 서예반, 합창부, 민요반 등 서클을 중심으로 활발한 학생활동이 이루어지고 있다. 특히 요트부는 매년 개최되는 전국대회 등에서 우승하고 있으며 많은 국가대표를 배출하였다.
1982년에 설치된 수산과학연구소에는 지하 1층, 지상 3층의 총면적 3,147㎡로 된 수족실험관이 준공되어 수산 및 해양개발에 필요한 새로운 지식과 기술을 조사연구하고, 유관 기관과의 기술정보 교환은 물론 효율적인 어민생산 기술교육과 호남지역을 비롯한 전국 각지에서 매년 2만여 명의 학생들의 산 교육장으로 이용하고 있다. 최신 현대시설을 갖춘 실습선 4척을 이용하여 매년 일본·대만 등으로 원양승선 실습을 하고 있다.