1978년 10월 입학정원 80명으로 의예과를 신설하면서 의과대학 설립인가를 받았으며, 1979년 7월 의과대학 부속병원 건설에 관한 기본계획을 확정하였다.
그 해 9월 착공하여 1983년 2월 지하 3층, 지상 13층(연건평 12,935.52평)의 병원 본관건물과 부속건물을 준공하였고, 1983년 5월 28일 307병상으로 개원하였다.
그 후 1986년 5월 의과대학을 포함하는 의료원으로 발족되었으며, 1986년 4월 암센터를 개설하였고, 1991년 지하 3층, 지상 13층(연건평 5,940.96평)의 서관이 완공되었다. 서관 완공을 계기로 가동 병상 수가 대폭 증가되어 명실상부한 입원 진료기관으로서의 면모를 갖추게 되었다.
1998년에는 영천 성베드로병원을 인수하여 부속영천병원으로 개원하였다. 의료원 산하에 기획조정실, 사무국, 의과대학, 의과대학 부속병원, 의학도서관이 있다. 의과대학과 함께 유능한 의료인을 양성 배출하여 지역주민의 보건향상에 기여하는 바가 클 것으로 전망되고 있다.