1936년 6월에 영덕읍 천전리에서 영덕공립농업실수학교로 설립되었다. 개교 당시 1년제 1학급으로 모집하여 1937년에 제1회 졸업생 7명을 배출하였다. 초기의 교과과정은 수신·공민·일어·역사·지리·수학·이과·체조·경종·토양비료·임업·축산·양잠·농업경영·외국어등이었다. 1941년에 수업연한을 2년으로 개편하였다가 1946년 영덕공립농업중학교로 인가되면서 수업연한 6년의 사실상 고등학교 교육편제가 이루어졌다. 1951년 학제 변경에 따라 영덕공립농업중학교와 영덕공립농업고등학교로 분리, 개편되면서 고등학교는 농업과 3학급으로 설치, 운영되었다.
1974년 영덕종합고등학교로 개칭되어 농업과 6학급, 보통과 3학급으로 개편하였으며, 1980년에 농업과 6학급, 축산과 3학급, 보통과 6학급으로 증설되었다. 1984년 전국영농학생전진대회 우수상, 1985년 학력향상 우수교 교육감 표창, 1987년 생활지도 우수학교 교육감표창을 받았으며, 1989년에 원예과를 신설하면서 농업계 종합고등학교의 모습을 갖추었다. 1994년에는 도내 실업계고등학교 운영 종합심사에서 최우수상을 시상하였다.
2006년에 교명을 영덕고등학교로 변경하였으며, 8월에 ‘농산어촌 1군 1우수 육성고’로 지정되었다. 2007년에는 학칙변경에 따라 보통과 2반, 바이오식품가공과 1반, 생물산업기계과 1반을 편성하여 12학급으로 운영하고 있으며, 2010년 현재 「사교육 없는 학교」 지원 사업 대상학교로 선정되었다.
2010년 3월 현재 재학생 257명에 교직원 32명이다. 60회 졸업식을 거치며 총 8,050명의 졸업생을 배출하였다.
교훈은 ‘참에서 꿈을 찾자’로 도덕적 품성과 더불어 살아가는 민주시민, 자기주도적 학습을 통한 창의적인 사람, 세계화, 정보화시대를 주도할 능동적인 사람, 소질과 적성을 계발하여 미래지향적인 사람을 교육목표로 정하고 있다.
학생 동아리 활동으로는 음악동아리인 H.R. band (Heart rates: 허트 레이츠), 풋살동아리(Y.D. united), 종교동아리(기독학생회), 학술동아리(독도지킴이), 청소년단체(스카우트, 4H)등을 중심으로 운영하고 있다.