대한불교조계종 제22교구 본사인 대흥사(大興寺)의 말사이다. 통일신라시대에 의상(義湘)이 창건하였다고 전하며, 처음의 이름은 강산사였으나 뒤에 당산사로 변경되었다가 다시 원갑사로 바뀌었다.
임진왜란 때 폐허가 되었다가 1701년(숙종 24)에 명선(明善)이 중건하였으며, 1804년(순조 4)에 여관(如寬)이 중수했는데, 이 무렵에 원갑사라 하였다. 그 뒤 다시 퇴락되었으나 1891년(고종 28)에 중건하였다. 한말에 사찰이 붕괴되어 중건하려 하자, 인근의 목우암(牧牛庵) 신도들이 협력하여 1908년에 중건하였다. 1953년에 일현(日鉉)이 중수하였고, 1988년에는 혜광(惠光)이 중수하여 오늘에 이른다.
현존하는 당우로는 정면 3칸, 측면 1칸의 맞배지붕인 무량전(無量殿)과 요사채 1동이 있으며, 문화유산으로는 1879년(고종 16)에 조성한 탱화 1점이 있다.