본관은 해남(海南). 자는 원례(元禮), 호는 석문(石門) 또는 행당(杏堂). 할아버지는 윤경(尹耕)이며, 아버지는 생원 윤효정(尹孝貞)이다.
1534년(중종 29) 생원이 되고, 1538년 별시문과에 을과로 급제, 1547년(명종 2) 부안현감으로 부임하여 백성들의 굶주림을 보고 구휼에 진력하였다. 그 뒤 전라도사를 거쳐 1552년 낙안군수가 되었다. 이 때 왜구가 쳐들어와 인근 여러 성들을 함락하여 노략질하자, 성과 무기들을 보수하여 방비를 철저히 하였다.
한산군수·광주목사(光州牧使)·선공감부정(繕工監副正) 등을 역임하고, 1565년 안동대도호부사로 부임하였는데, 예안에 거주하던 이황(李滉)과 교유하였다. 1573년 승정원 좌·우부승지를 거쳐 충청도관찰사를 지냈다. 저서로 『행당선생유고』가 있다.