대한불교조계종 제15교구 본사인 통도사(通度寺)의 말사이다. 창건연대는 미상이나 신라시대의 고찰로서 창건설화가 전한다.
신라의 충신 박제상(朴堤上)이 인질로 잡혀간 미해왕자(美海王子)를 구출하기 위하여 왜국으로 떠난 뒤 부인 김씨는 동해가 내려다보이는 치술령(鵄述嶺)에 올라가서 남편을 기다리다가, 남편이 처형되었다는 소식을 전하여 듣고 두 딸과 함께 독약을 마시고 남편의 뒤를 따라 죽었다. 그 때 시신은 망부석(望夫石)으로 변하였고 혼은 혼조(魂鳥)가 되어 날아올라 이 절이 있는 바위틈에 숨었다 하여 그 바위를 은을암(隱乙巖)이라 하였다. 그리고 새가 날아오른 자리를 비조(飛鳥)라 하였는데, 이로 인하여 두동면 만화리에 있는 비조마을의 이름이 되었다. 그 뒤 충절과 정절을 기리기 위하여 이 암자를 창건하였다고 전한다. 그러나 중창 및 중수의 역사는 전래되지 않고 있다.
현존당우로는 극락전을 비롯하여 영산전 · 무설당(無說堂) · 삼성각 · 범종루 등이 있다. 은을암은 1997년 울산광역시 기념물로 지정되었다.