1950년 6월 한국은행 창립 당시는 은행감독부로 출발하였으나, 1962년 5월<한국은행법>이 개정되면서 은행감독원으로 개칭되었다. 창립 당시에는 은행감독국과 은행검사국 등 2국을 산하에 두고 있었으나, 그 동안 은행감독기능의 강화라는 사회적 요청에 부응하여 점차 확대, 개편되었다. 은행감독원은 <한국은행법>에 따라 금융통화운영위원회의 지시를 받도록 되어 있어 고유한 기능인 은행감독업무를 독자적으로 수행할 수 있었다.
다만, 기타 업무의 수행에 대해서는 한국은행 총재의 지시를 받는다. 이와 같이 은행감독원에 대하여 은행감독업무에 관한 독자적인 업무수행권을 부여하고 있는 것은 은행감독원의 감독대상인 금융기관의 업무운영이 이윤추구를 위한 상업성과 국민경제에 미치는 영향이 지대한 공익성을 지니고 있기 때문이었다.
이에 따라 은행감독원은 금융자율화의 확대정착을 통한 책임경영체제의 확립과 합리적인 경쟁여건 조성을 통한 금융효율의 극대화 및 금융사고의 사전예방을 통한 은행의 공신력을 높이는 것이 기본적인 임무가 되었다.
이러한 기본임무를 수행하기 위한 은행감독원의 주요 기능은 다음과 같다.
① 은행의 자본금 증액, 무가치자산의 손실처리, 비업무용자산 처분, 부실경영임원의 경질 및 불건전영업행위의 중지 등 은행의 건전경영 도모를 위하여 필요한 지시·명령을 할 수 있었으며, 은행의 신설·합병·해산, 영업소신설, 자본금변경, 겸영업무(兼營業務) 취급, 동일인대출이나 지급보증한도 관리, 부실채권의 대손승인업무 등 <은행법>에 규정된 인허가업무를 취급하는 한편, 은행경영실적의 분석평가 및 업무개발추진 등을 통하여 은행경영을 지도하였다.
② 금융기관의 효율적인 여신관리를 지도하기 위하여 동일인에 대한 편중여신의 억제, 주거래은행제의 원활한 운영, 거액여신의 감축 추진, 불건전채권의 조기정리 촉진, 금융기관의 기업분석업무지도 및 기업여신에 관한 정보의 집중관리업무 등을 맡았다.
③ 건전하고 합리적인 금융질서의 확립을 도모하기 위하여 은행에서 발생할 수 있는 모든 금융비리의 예방 및 척결업무를 맡는 동시에 은행업무취급에 있어서의 불합리한 제도나 관행을 개선 또는 시정하도록 지도하였다.
④ <금융감독위원회법>이 정하는 바에 따라 은행의 업태에 대한 서면 또는 입점검사(立店檢査)를 실시하였다. 검사대상은 원칙적으로 은행감독원의 감독대상인 시중은행·지방은행 및 외국은행 한국지점 등 일반은행이나, 주무부장관의 위촉이나 관계법규의 정하는 바에 따라 한국외환은행·중소기업은행 등 특수은행이나 단자회사·상호신용금고 등 제2금융권에 대해서도 입점검사업무를 수행하였다.
이러한 검사를 통하여 은행자산의 건전성여부나 관계법규의 준수여부 등을 검사한 결과 건전하지 못한 사항이나 관계법규의 위반 등이 발견되었을 때에는 은행자산의 장부가격변경, 불건전자산의 손실처리요구 등 시정·권고 조처와 비위임직원의 문책요구 등 제재조처를 취할 수 있었다. 1999년 1월 은행감독원·증권감독원·보험감독원·신용관리기금을 통합하여 금융감독원으로 하고 은행감독원은 폐지되었다.