본관은 한산(韓山). 자는 형백(馨佰), 호는 성암(省菴) · 사정(思亭) · 구옹(龜翁). 아버지는 판관 이치(李穉)이고, 『토정비결』로 유명한 이지함(李之菡)의 형이며, 선조 때 영의정을 역임한 이산해(李山海)의 아버지이다. 천문지리에 모두 정통하였다. 인종 때 문음으로 추천되어 장례원사평이 되었으나 당시 윤원형(尹元衡)이 국권을 잡아 횡포하므로 벼슬을 버리고 단양의 구담(龜潭)에 집을 짓고 정신을 수양하며 세월을 보냈다. 항상 푸른소[靑牛]를 타고 강가를 오르내리고 또 칡넝쿨로 큰 줄[索]을 만들어 구담의 양쪽 벽에 붙들어매고 날아가는 학을 만들어 매달아 타고 내왕하니 사람들이 신선이라 불렀다. 선조 즉위 후에 청풍군수를 역임했다.