1993년 사적으로 지정되었다. 지정면적 1만 9533㎡. 관덕정(보물, 1963년 지정) 인접 북쪽에 위치하고 있으며, 1991∼1992년 2차에 걸친 발굴조사로 탐라국으로부터 조선·근대에 이르기까지 여러 시기의 유구와 문화층이 확인되었다.
특히 조선시대의 관아시설인 동헌(東軒)과 내아(內衙)의 건물지 등이 확인되어 제주목의 관아지로 밝혀진 중요한 유적이다.
발굴조사로 밝혀진 건물지는 동헌터(27.5m×16.4m)를 비롯하여 내아터·내대문터·홍화각(弘化閣)터 등이며, 이들의 기단석 열과 주춧돌, 담장터 등이다.
시대상으로는 조선 전기 말 16세기경부터 후기 19세기경까지의 건물터와 담장터 등이 확인되었다. 또한 이들 조선시대 유구 밑에서는 통일신라시대(탐라국)의 문화층도 나타났다.
출토 유물은 기와조각이 대부분인데, 그중에는 ‘시주목사겸만호이(施主牧使兼萬戶李)’·‘동원차처관(同願此處官)’·‘천승석(天承錫)’·‘남조(監造)’·‘명숭정사(明崇貞四)’·‘갑술년(甲戌年)’·‘고내촌(高內村)’·‘대문(大門)’·‘성소임신이월(城所壬申二月)’·‘시주만호부승석(施主萬戶夫承碩)’·‘만호겸목사(萬戶兼牧使)’·‘만호겸목사태(萬戶兼牧使泰)’ 등의 명문기와가 있다.
막새기와에는 연꽃무늬를 오목개김한 수법의 목판 형식과 단판 형식의 연판무늬장식이 있다. 도자기는 15∼16세기의 조선시대의 각종 분청사기 및 백자조각이 다량으로 출토되었는데, ‘내등(內謄)’·‘대해(大海)’·‘충(忠)’·‘향공(享供)’·‘정(丁)’ 등의 명문도자기가 출토되었다.
제주목 관아지는 조선시대 이후 『탐라순력도(耽羅巡歷圖)』 등 많은 기록이 있어 제주의 정치·행정·문화의 중심지였음을 알 수 있으며, 제주대학교 발굴팀에 의하여 여러 유구와 유물이 출토됨으로써 그 중요성이 더욱 확인되었다. 전문가의 고증과 자문을 거쳐 2002년 12월 복원공사를 완료하였다.