대한불교조계종 제10교구 본사인 은해사(銀海寺)의 말사이다. 673년(문무왕 13) 의상(義湘)이 창건하였으며, 창건 당시부터 맷돌 · 가마솥 · 청동향로 등 세 가지 보물을 지니고 있었다 하여 지보사라 불렀다. 그러나 창건 이후 사적은 전하지 않으나 통일신라시대 작품으로 추정되는 삼층석탑이 있고, 1578년(선조11)에 신지제(申之悌 1562~1624)가 이곳에서 독서하였다는 기록이 전한다. 1942년에는 천오(天梧)와 동허(東虛)가 중수하였고, 1972년에는 만오(晩悟)가 중수하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 정면 3칸, 측면 2칸의 맞배지붕인 대웅전과 2층 누각, 삼성전(三聖殿) · 반야선원(般若禪院) · 산신각 · 요사채 등이 있으며 현판으로는 1826년(순조 26)에 만든 지보사등촉계창설기(持寶寺燈燭稧刱設記)와 1655년(효종 6)에 만든 헌답기(獻畓記) 등이 있다. 문화유산으로는 통일신라시대의 작품으로 추정되는 지보사 삼층석탑(보물, 1980년 지정)과 2018년 경상북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 지보사 석조아미타여래삼존좌상이 있다. 삼층석탑의 하대면석에는 각 면마다 두 마리의 사자가 조각되어 있고, 상대면석에는 빼어난 팔부신중(八部神衆)이 조각되어 있다.