본관은 평강(平康). 일명 두석(斗錫). 제주 출신. 아버지는 채종관(蔡宗寬)이며, 어머니는 홍씨(洪氏)이다.
본래는 제주성내에 거주했으나 뒤에 중문(中文: 지금의 제주도 서귀포시 중문동)으로 이주했다. 시문에도 능하였다.
1894년(고종 31) 제주판관 재임시 제주에 흉년이 들자 봉록을 의연(義捐)해 기민(飢民)들을 구제하였다. 1895년 대정군수 재직시에는 주민 강유석(姜瑜奭)과 송계홍(宋啓弘) 등이 난을 일으켜 갑오개혁 후의 신제도 실시에 반대해 경무청(警務廳)을 파괴하자 전 부사 김윤병(金潤柄)과 함께 관군을 인솔해 진압하였다.
1901년에는 이른바 이재수(李在守)의 난이 일어났다. 천주교도인 대정군(大靜郡: 지금의 서귀포시 대정읍)의 부이방(副吏房) 김옥돌(金玉乭)이 향장(鄕長) 오대현(吳大鉉)의 기처(妓妻)와 간음한 사건을 계기로 확대되어 상무사원(商務社員)과 천주교도간에 충돌로 일어난 사건이다.
봉세관(捧稅官) 강봉헌(姜鳳憲)이 상무사의 대표격이었던 채구석을 이 사건의 책임자로 조정에 무고했기 때문에 대정군수직에서 파면되었다. 상무사는 그 성격이 뚜렷하지는 않다. 그러나 1901년 4월에 채구석 · 오대현 · 강우백 등 대정군민을 중심으로 오랫동안 겪어온 일본 어민의 어장 침투, 경래관(京來官)들의 탐학(貪虐), 봉세관의 남세(濫稅)와 일부 천주교도의 작폐로부터 스스로를 지키기 위해 단합해 설립한 것이다. 때문에 외세를 배경으로 작폐를 일삼는 일부 천주교도들과는 충돌이 잦을 수밖에 없었다.
상무사의 주도자이며 당시 대정군수였던 채구석은 난이 진압되는 동안 관민측과 목사 사이를 오가며 유혈 충돌과 난의 확산을 막고, 또 신부의 보호 등에 진력하였다. 그러나 프랑스의 압력으로 뒤에 억류되어 조사까지 받아야 하였다. 조사 결과 아무런 혐의가 없는 것으로 밝혀졌지만 군수직에서 파면되고 그 뒤 3년간 금고생활(禁錮生活)을 하였다.
그 뒤 중문에 거주하면서 ‘천제연폭포수(天帝淵瀑布水)를 끌어 관개(灌漑)에 사용할 수 없을까?’를 궁리한 끝에 1905년부터 3년간 지세를 답사하고 물길을 열어 성천봉(星川峯) 아래로 물을 대어 5만 여 평의 논을 개간하였다.
1957년 8월 채구석의 공적을 기리기 위해 서귀포시 중문동 천제연에 기념비가 세워졌다.