대한불교조계종 제5교구 본사인 법주사(法住寺)의 말사이다.
고려 말 1373년(공민왕 22) 나옹선사가 창건하였다. 1592년(선조 25)의 임진왜란 때 소실되어 빈 절로 내려오던 것을 1710년(숙종 36) 인근 대흥사(大興寺)의 승려들이 중창하여 선실(禪室)을 세우고 청련암이라 하였으며, 1741년(영조 17) 장마 비로 떠내려가자 마을사람들의 시주를 얻어 1746년 중건하였다. 그 뒤 다시 폐허가 되었던 것을 1954년 재건하여 오늘에 이르고 있다.
현존하는 당우로는 극락전과 칠성각이 있으며, 문화유산으로는 2009년 충청북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 단양 청련암 목조보살좌상이 있다.