축산업협동조합은 1981년 양축가들의 경제적·사회적 지위를 보호하고 향상하며 축산업의 진흥을 도모할 목적으로 설립된 협동조합이다. 축산업협동조합은 시군 행정 단위를 중심으로 지역 내 양축가들로 구성된 지역별 조합과 특정의 전문적인 축종에 종사하는 자를 조합원으로 하는 업종별 조합, 이들 두 종의 조합을 회원으로 하는 축산업협동조합중앙회로 구성되어 있다. 축산물 유통 및 사료가공 사업을 통한 조합원 편익의 도모, 가축개량 사업, 각종 예금 수신 및 양축 자금 대출, 내국환 업무, 금융기관의 업무 대리 등 금융 사업이 주축을 이루었다.
1945년 광복과 한국전쟁의 혼란기를 거친 1950년대에 점차 축산 주산지를 중심으로 축산동업조합의 설립이 활발해졌고, 이들 조합은 1954년에 「가축보호법」의 제정 · 공포에 따라 가축 시장 업무를 맡게 되면서 그 존립 기반이 확충되어 각 도에 도연합회, 중앙에 대한축산동업조합연합회를 설립하게 되었다.
시 · 군축산동업조합이 153개, 도연합회가 8개였다. 이들이 오늘날 축산업협동조합의 전신이라 할 수 있는데, 1957년 2월 「농업협동조합법」이 제정, 공포됨에 따라 다시금 농업 단체로 통합되어 시 · 군축산동업조합은 농업협동조합[약칭 농협]의 시 · 군축산협동조합으로 개편되었고, 도연합회와 전국연합회는 농협중앙회에 흡수되었다.
1961년 7월 농협과 농업은행이 통합되면서 건실하지 못한 시 · 군축협은 시 · 군농협에 흡수되고 독립 운영이 가능한 축협 56개가 농협 특수 조합의 일종으로서 농협중앙회의 정식 회원, 농협군지소의 준회원이 되었다.
1976년과 1977년의 두 차례에 걸쳐 「축산법」을 개정하였으며, 이에 따라 축산물의 생산 지원과 수급 조절을 담당할 기구로 1977년 축산진흥기금과 1978년 축산진흥회가 각각 발족하였다.
1980년 말까지는 농업협동조합 산하의 특수 조합으로 있었으나 1980년 말 농정대개혁(農政大改革)의 일환으로 「농업협동조합법」과 「축산법」이 개정되고, 「축산업협동조합법」이 제정, 공포됨에 따라 농업협동조합과 축산진흥회의 축산 부분을 통합하여 1981년 1월에 새로 발족한 특수법인이다.
1989년 말 지역조합 수는 147개, 업종조합 수는 20개에 달하였고, 9개 도청 소재지에 도지부를 두고, 인천 · 부산 · 군산 · 청주 · 나주 등지에 사료 공장, 서산 · 안성 등지에 목장 등 13개 사업소를 운영하였다.
사업 규모를 살펴보면, 1981년 축협중앙회가 발족하기 이전인 1980년에 연간 매출액이 4500억 원에 불과하였다가 1989년에 5조 6000억 원 규모로 성장하였다. 조합원 수는 1980년 2만 7000여 명에서 1989년 22만 4000여 명으로 증가하였다.
그리고 1989년 「축산업협동조합법」 개정에 따라 조합원들이 지역별 축산업협동조합장과 업종별 축산업협동조합장을 직접 선출하게 되었고, 1990년 4월 각 축산업협동조합장이 축산업협동조합중앙회 회장을 선출하였다.
1989년 당시 조직으로는 시군 단위의 경제권을 중심으로 지역 내 양축가들로 구성되는 지역별 축산업협동조합과 특정 축종(畜種)을 경영하는 전업 양축가들로 구성되는 업종별 축산업협동조합이 있었으며, 이들을 회원으로 하는 연합조직인 축산업협동조합중앙회가 있었다.
1996년 3월에 이르러 지역별 조합 수는 146개, 업종별 조합 수는 45개이었다. 2024년 7월에 이르러 지역별 조합 수는 113개, 업종별 조합 수는 26개이고, 중앙회 본부는 서울특별시 중구 충정로1가에 있다. 주요 사업으로는, 축산 기술 향상과 경영합리화를 위한 생산지도 · 생활개선 · 교육 향상 · 문화 향상 등 지도 사업과 우량 축종, 양질의 배합사료, 목초 종자, 축산 기자재 등과 관련된 구매 사업을 들 수 있다.