백제의 역사와 문화 및 충청남도 지역의 향토문화에 대한 조사 · 연구를 통하여 국학분야 발전에 기여하기 위하여 1971년 9월에 설립되었다. 초대소장은 김용경(金龍卿)이다.
1997년 현재 기획관리부 · 백제연구부 · 충청지방연구부의 3개 부서에 각 부장 3명과 운영위원 2명이 있으며, 정기간행물과 단행본을 합쳐 9,000여권의 도서를 확보하고 있다. 주요사업으로 백제의 역사 · 문화에 대한 조사 · 연구와 충청남도지역 문화유산 지표조사 및 발굴작업을 계속하고 있으며, 1982년부터 격년제로 백제연구 국제학술대회를 열어 1997년까지 8회째 개최하는 한편 제1회 연대학(年代學)연구 한 · 일공동학술대회를 개최하였다.
1970년에 연구논집 ≪백제연구≫를 간행한 이래 1998년 현재 제28집까지 발간하였으며, 단행본으로는 ≪백제와전도보 百濟瓦塼圖譜≫ · ≪백제사의 연구≫(일어판) · ≪대동지지 大東地志≫(상 · 하 2권) · ≪보령 보령리 백제고분발굴조사보고서≫ 등을 간행하였다. 1992년부터 ≪백제연구총서≫를 간행하고 있으며, 1998년까지 6집이 출판되었다.
국내 관련연구소 및 중국의 서북대학 · 북경대학, 일본의 고대학협회(古代學協會) · 구주대학(九州大學) 문학부 등과 자료교환을 하고 있다.