1434년(세종 16) 그 이전까지 책록된 개국(開國) · 정사(定社) · 좌명공신(佐命功臣)을 대우하기 위하여 운영한 개국공신도감을 계승, 개칭한 공신도감을 이어받고, 이성제군부(異姓諸君府)의 수령관이 예겸(例兼)한 지사 · 도사 및 녹관인 승(丞) · 녹사(錄事)의 관원을 두면서 성립되었다.
이후 1437년 6월 이성제군부 수령관이 예겸하던 지사 · 도사를 돈녕부 등의 관원이 겸대하도록 개정, 1444년 7월 이성제군부는 부마부(駙馬府)로 이름을 고치고 이성제군부의 관장사를 이관받았다.
1454년(단종 2) 1월 “의정부에서 충훈사는 대군 · 부원군의 아문인데 그 녹관의 질에 따라 참외아문이 되니 옳지 아니하다. 청하건대, 부마부의 예에 따라 충훈부로 승격하소서.”라는 상계에 따라 충훈부로 승격, 개칭되면서 소멸되었다.
공신의 대우, 범죄를 범하여 피주된 공신의 봉사(奉祀) 및 삭적된 공신의 공신노비추쇄 등의 업무를 관장하였다.