1633년(인조 11)경기·충청·황해도의 삼도수군을 통어하도록 설치한 것이 그 시초로서 삼도통어사(三道統禦使)라 통칭되기도 한다.
통어영(統禦營)은 교동(喬桐 : 현재 인천광역시 강화군 교동면)에 두었으며, 이후로 경기도수군절도사가 겸임하여 삼도의 해방(海防) 및 주사(舟師)를 총괄하였다.
한 때 폐지되었다가 1789년(정조 13)에 다시 설치되어 교동부사가 경기도수군절도사 겸 삼도통어사를 겸하게 되었다. 그 뒤 계속 제도적으로 운영되다가 1893년(고종 30)에 폐지되었다.