1947년 2월에 송병문(宋秉文)이 농지 34만평을 희사하여 재단법인 송촌학당(松村學堂)을 설립하고 같은 해 6월통영상업중학교로 개교하였다.
1952년 학제변경에 따라 통영상업고등학교로 개편되었으며, 그 뒤 여러 차례의 학급증설을 거쳐 1984년 30학급으로 편성하였다.
1998년 3월에는 교명을 통영제일고등학교로 변경하였다. 2000년 7월에 남녀공학 승인을 받고, 유통관리과를 경영정보과로 개편하였다. 동년 12월에는 학교법인 동원송촌학당으로 변경 승인되었다.
2012년 3월에 동원고등학교로 교명을 변경하였으며, 같은 해 7월에 경상남도 통영시 광도면 용호로(죽림리)로 교사를 이전하였다.
2008년 3월 현재 보통과 21학급, 정보처리과 7학급으로 총 재학생 910명, 교직원 65명이 있다. 이 해에 56회 졸업식을 거행하였는데 졸업생은 총 14,000여명을 배출하였다.
‘애써 힘을 기르자, 책임을 다하고 바르게 살자, 사랑하고 봉사하자.’는 교훈 아래 자주성과 창의성을 계발하여 미래의 지식기반 사회를 주도할 성실한 인재를 기르고 있다. 학교 경영 방침으로는 기초질서 지키기를 생활화하고 인격을 존중하는 생활지도 실천, 면학풍토 조성으로 기본 학력 신장과 자기 주도적인 학습 능력 배양, 학습자 중심의 학교교육과정 운영, 자율장학 정착으로 교육의 전문성 신장과 신뢰받는 교사상 정립, 첨단 기자재 활용능력 신장 및 시설 확충으로 선진 교육환경 기반을 구축하고 있다. 동아리활동으로 색스폰, 만화 천연비누, 야생화 댄스, 해양소년단을 운영하고 있다.