1969년 1월 29일 국토통일원으로 신설되었다. 1990년 12월<정부조직법>이 개정됨에 따라 국토통일원의 명칭을 바꾸어 통일원으로 국무총리 소속하에 설치되었는데, 장관은 부총리를 겸하였다.
기획관리실·통일정책실·정보분석실·교류협력국 및 인도지원국을 두고 있었으며, 소속기관으로 통일연수원(현 통일교육원) 및 남북회담사무국이 있었다. 1998년 2월 28일 정부조직축소를 위한 <정부조직법> 개정에 따라 부총리급 장관을 장관으로 낮추고 그 명칭도 통일부로 하였다. →통일부