1978년에 사단법인체로 출발, 1991년 현재 회원은 국내외를 합하여 1,030명에 이르고 있다. 구성은 회원·임원회·평의원회·이사회·간사회로 되어 있다.
회원은 정회원·학생회원·명예회원·특별회원 및 단체회원으로 구분되며, 그 자격은 대학(대학원)에서 미생물학과 생물공학 및 이와 유사한 학문을 수학한 자 또는 이 회의 취지에 찬동하고 소정의 입회원서를 제출하여 간사회의 승인을 얻은 사람이다.
임원회는 회장 1명과 부회장 4명 이내, 이사 5명 이상 13명 이내(회장·부회장 및 간사장 포함), 감사 2명 및 몇 명의 간사 (총무·해외·재무·사업·학술·편집) 등으로 구성되어 창립 때부터 1987년까지는 회장중심제로 학회가 운영되었으나, 1988년 1월부터 간사장중심제로 운영되고 있다.
평의원회는 사업과 원활한 발전육성을 위하여 노력하며, 임원을 선출한다. 평의원은 30명 이상 200명 이내이나 현재 171명으로 구성되어 있다.
또한, 설립목적을 달성하기 위하여 학술발표회·강연회 및 강습회의 개최, 학술회지 및 기타 기술자료의 발간 및 배부, 미생물공학·유전공학 및 생물공학 분야의 학계와 산업계 및 국제간의 과학기술에 관한 정보교환 및 협조증진과 기술교류·연구 및 기술을 장려한다.
수업적 상훈, 회원 상호간의 친선도모 및 기타 이 회의 목적달성을 위한 지부구성(호남 및 영남 지부) 및 필요한 사업은 각 위원회에서 제정하며, 평의원회의 의결을 거쳐 시행한다. 정기총회는 매년 4월 및 10월에 개최하고 있다.
연6회에 걸쳐 매호당 20편의 논문이 수록된 ≪한국산업미생물학회지≫, 연4회에 걸쳐 학회소식지 ≪News≫를 발간하고 있다.