식품과학의 학술적 연구를 통하여 식품공업의 발전을 유도하고, 나아가 국민의 식생활향상에 기여하며, 회원 상호간의 친목을 도모할 목적으로 식품에 관계된 과학자·기술인·기업인 등이 중심이 되어 1968년 6월 서울에서 설립되었다.
설립 당시에는 한국식품과학협회라 하였으나, 1970년 5월에 지금의 이름으로 변경하였으며, 1976년에 미주지부, 1977년에 호남지부, 1979년에는 영남지부가 각각 결성되었다.
현재 전문 분야별 학술분과위원회로 유지·식품공학·식품위생·관능검사·식품분석·식품첨가물·식품포장·탄수화물의 8개 분과위원회와 학회사업을 효율적으로 수행하기 위하여 식품문헌초록위원회·한국식품문헌총람편집위원회·식품행정연구위원회 등을 두어 학회활동의 일익을 담당하고 있다.
매년 봄·가을로 학술발표회와 학술심포지엄을 개최하고 있으며, 각 지부에서도 연 1, 2회의 학술발표회를 개최하고 있고, 각 학술분과위원회는 워크숍과 세미나를 수시로 개최하고 있다.
설립 이후 학회지 ≪한국식품과학회지≫를 격월간으로 발행하여 2000년 현재 제32권 4호까지 간행하였으며, 한국식품과학회지에 같이 수록되어있던 영문의 경우 1992년부터 ≪Foods and Biotechnology≫를 시작으로 현재 ≪Food Science and Biotechnology≫가 격월간으로 Vol. 9, No. 4까지 발행되었다.
또한 1977년부터는 학회지와 병행하여 간행해오던 ≪식품 뉴스≫를 ≪식품과학과 산업≫으로 개제하여 연 4회 발간하고 있는데, 여기에는 식품에 관련된 해설, 자료 및 정보 등 광범한 내용으로 학회홍보와 회원의 친목도모를 겸하고 있다.
단행본으로는 우리 나라 식품관련문헌을 수집정리한 ≪한국식품연구문헌총람≫(1·2·3권), ≪식품과학용어집≫을 간행하였고, 국내의 식품관련문헌을 초록하여 ≪Food Science and Technology Abstracts≫에 게재하도록 하고 있으며, 국제식품과학연합회(IUFOST)에 가입하여 식품과학기술의 국제적 교류에도 기여하고 있다.
회원 자격은 식품과 관련된 과학자를 비롯하여 식품공업에 종사하고 있는 자이며, 회원총수는 2000년 현재 단체회원 60개, 도서관회원 140개, 정회원 1,650명이고, 사무실은 서울특별시 강남구 테헤란로 7길 22(역삼동 635-4) 한국과학기술회관 본관 695호에 위치하고 있다.