토양학 · 비료학 및 식물영양학과 그 응용에 관한 제반 농업기술의 발전 보급을 위하여 조백현(趙伯顯) 등이 중심이 되어 1968년 6월 28일 서울에서 설립되었고 12월 부터 ≪한국토양비료학회지≫를 발행하기 시작하였다.
1976년에는 한국기술단체 총연합회의 회원학회로 가입하였다. 1988년에는 창립 20주년을 기념하여 "유황비료에 관한 국제 Symposium"을 개최하였다. 1998년에는 "한국 토양비료학회 30년의 회고와 전망"이라는 주제로 창립 30주년 기념 심포지움을 개최하였다. 2009년에는 국립농업과학원과 흙의 날 행사를 공동 개최하기 시작하였다. 2023년에는 "Global Soil Security: Beyond the Soil"이라는 주제로 제4회 국제토양안보 컨퍼런스를 개최하였다.
각종 행사 및 학술대회에서 발표된 연구논문들을 학술지 ≪한국토양비료학회지≫를 통해 발표하고 있고, 이 외에도 ≪토양과 비료≫라는 학술 저널도 발간하고 있다. 그 밖에 특별주제를 택하여 심포지엄을 개최하고 있으며, 그 결과를 수록하여 ≪답토양 畓土壤≫ · ≪전토양 田土壤≫ · ≪석회≫ · ≪2000년대의 비료수급 전망≫ · ≪칼리≫ · ≪토양유기물≫ · ≪산지토양의 농업적 개발이용≫ · ≪비료수급≫ 등을 단행본으로 간행하였다.
또 산업체의 문제점을 연구하여 그 결과를 제시함으로써 산학협동을 활발히 추진하고 있다. 그 밖에 해외의 저명한 학자를 초청, 특별강연회, 토양사랑 사진공모전, 토양조사 경진대회, 흙의 날 기념식 등의 행사도 개최하고 있다. 사무실은 전북특별자치도 완주군 국립농업과학원에 있다.