1976년 7월 이 분야의 발전에 기여할 목적으로 부산에서 창립되었다.
한국해양대학에서 배병태(裵炳泰)·윤점동(尹點東)·윤여정(尹汝政)·민병언(閔丙彦), 부산수산대학에서 박중희(朴仲熙), 목포해양전문대학에서 이재우(李再雨) 등이 참석하여 학회창립준비회의를 개최하여 준비위원장에 배병태를 선출하였으며, 같은 해 7월 31일 한국해양대학에서 창립총회를 개최하여 초대회장에 이준수(李俊秀)를 선출하였다.
발기의도는 해사산업(海事産業)에 관련된 학계 및 업계 인사들간의 활발한 교류를 통하여 이 분야의 발전에 기여하며, 밖으로는 외국학회와의 광범한 제휴를 통하여 항해학 발전의 초석이 되려는 데 있다.
1998년 현재 회원수는 특별회원 36개 단체와 정회원 462명이다. 구성은 임원·평의원·회원으로 되어 있고, 회의는 정기총회·임시총회·평의원회·이사회가 있다. 회원은 정회원·준회원·특별회원 및 명예회원으로 구분되며, 그 자격은 이 학회의 회원자격규정에 적합하고 소정의 회비를 납부함으로써 취득된다.
이 학회의 설립목적을 달성하기 위하여 학회지인 ≪한국항해학회지≫를 발행하고 있고, 학문과 기술적 문제에 대한 조사연구·학술강연회와 토론회를 개최하며, 국내외 학회와의 연락·제휴, 기타 필요한 사업 등을 주요활동으로 하고 있다.
1998년 현재 ≪한국항해학회지≫를 62호까지 발행하였다. 학회사무실은 부산광역시 영도구 동삼동 한국해양대학교 해사대학 내에 있다.