1976년 7월 이 분야의 발전에 기여할 목적으로 부산에서 '한국항해학회'로 창립되었다. 한국해양대학에서 배병태(裵炳泰) · 윤점동(尹點東) · 윤여정(尹汝政) · 민병언(閔丙彦), 부산수산대학에서 박중희(朴仲熙), 목포해양전문대학에서 이재우(李再雨) 등이 참석하여 학회창립준비회의를 개최하여 준비위원장에 배병태를 선출하였으며, 같은 해 7월 31일 한국해양대학에서 창립총회를 개최하여 초대회장에 이준수(李俊秀)를 선출하였다.
발기의도는 해사산업(海事産業)에 관련된 학계 및 업계 인사들간의 활발한 교류를 통하여 이 분야의 발전에 기여하며, 밖으로는 외국학회와의 광범한 제휴를 통하여 항해학 발전의 초석이 되려는 데 있다.
1997년부터는 한중항해학회 공동 학술대회(KIN-CIN Joint Symposium)를 매년 개최하고 있으며, 2000년에는 제 10회 IAIN World Congress 의 개최를 세계 17개국 항해학회와 공동으로 후원하였다. 2002년에는 한국항만학회와 통합하여 '한국항해항만학회'로 출범하였고 학회지의 명칭도 ≪한국항해항만학회지≫로 변경하였다. 2003년에는 학술지 ≪한국항해항만학회지(Journal of Korean Navigation and Port Reserch)≫가 한국연구재단 등재학술지에 선정되었다.
2004년부터는 Asia Navigation Conference를 개최하기 시작하였고, 2007년에는 해양수산부로부터 사단법인 설립허가를 받았다. 2016년에는 한국해양과학기술협의회 공동학술대회를 개최하기 시작하였다. 2024년에는 Asia Navigation Conference 2024를 개최하였다.
한국항해항만학회는 전문성과 특수성 강화를 위하여 ANC(Asia Navigation Conference), ACMSSR(Asian Conference on Maritime System and Safety Research) 및 AMEF(Asia Maritime English Forum)의 창립, IAIN(International Association of Institutes of Navigation) 총회 유치 등 국제적 활동을 활발하게 하고 있으며, 대한조선학회, 한국해안 · 해양공학회, 한국해양공학회, 한국해양학회 및 한국해양환경 · 에너지학회로 구성된 한국해양과학기술협의회에 가입하여 협업하고 있으며, 정부기관 및 관련 산업계화의 협력하고 있다.
학회 설립목적을 달성하기 위하여 학회지 ≪한국항해항만학회지≫를 발행하고 있고, 학문과 기술적 문제에 대한 조사연구 · 학술강연회와 토론회를 개최하며, 국내외 학회와의 연락 · 제휴, 기타 필요한 사업 등을 주요활동으로 하고 있다. 학회사무실은 부산광역시 영도구 한국해양대학교 해사대학에 있다.