1991년 3월 낙동강 패놀사고 후 환경과학기술연구기관의 강화가 절실해짐에 따라 환경기술개발연구원에 관한 재단법인이 1992년 12월에 등기되어 1993년 1월에 설립되었고, 초대 원장에 노재식(盧在植)이 취임했다.
이 연구원은 환경과학기술의 획기적 개발로 우리 나라의 기술을 2001년까지 선진국 수준으로 끌어올릴 것을 과제로 삼고 있다.
환경기술시스템연구부는 연구·개발을 조정하는 중심기관 구실을 하면서, 산업체별 환경관리기법을 개발·보급하고, 중·장기 기술개발계획을 수립하며, 환경오염을 총량적으로 규제·관리하는 시스템을 연구·개발하고, 국내산업체·대학·출연연구기관 사이의 중복되는 연구과제를 조정한다.
특정과제연구부는 ① 환경 부문 특정과제 기술개발에 대한 기획·조정·평가·분석, ② 공동연구기관 선정 및 협약체결, ③ 기술개발사업의 감독 및 추진상항을 보고, ④ 개발된 환경기술의 배분 및 관리, 기타 환경 부문 국책과제를 관리한다.
또한 환경정책·경제연구부는 ① 환경개선의 중·장기계획 및 투자의 우선순위를 연구하고, 환경오염에 대한 사회비용 및 제거비용을 분석·연구, ② Green GNP 연구 및 개발프로젝트별 ESSD 모델을 연구·개발, ③ 환경기술과 정책을 상호연계시키는 방안을 강구, ④ 지구환경문제에 관한 각종 국제환경협약체결에 대비한 대응방안 등을 연구·개발한다.
그리고 환경기술정보실은 ① 국내외 환경관련정보 전산네트워크를 설치, 운영하여 기술개발의 수요 조사, ② 시장동향 분석, ③ 국내의 산업체·대학·연구소 등의 환경기술개발의 설비와 능력을 분석한다.
이러한 연구의 효율화·활성화를 위해 연구인력 전원을 풀로 활용하는 방안을 채택하고 연구책임제를 실시, 현안과제별로 연구팀을 구성·운영한다.
실질적·능률적 연구분위기를 조성하기 위해 선임연구원급 이상은 계약제를 실시, 소수정예의 고급인력 중심으로 운영한다.
권위있는 전문가를 객원연구원으로 초빙하여 연구팀을 보강하며, 산업계·학계 및 기타 연구소와 긴밀히 협력하는 산·학·연 연계 연구체제를 운영한다. 서울특별시 강남구 역삼동에 있다.